問題タブ [r2jags]

データの変化点を推定する方法を見つけようとしています。そのために、変化点の前の期間と変化点の後の期間のランダム効果を推定したいと考えています。ただ、変化点がいつなのか分からないので、推定してみます。私が直面している問題は、ループ構造でチェンジポイント (cp) を使用していて、「カウンター i の上位インデックスを評価できません」というエラーが発生することです。私も推定したい変数を使用してループできないと思いますか? 誰かがこれを行ったことがあるかどうか、および/またはこれを行う方法について提案があるかどうか疑問に思っています。もう 1 つの潜在的な問題は、コマンドでカウンター インデックス i を使用していないことですが、while ループを使用しようとすると、ループが壊れないという問題にも遭遇しました。ご意見をお寄せいただきありがとうございます。

コードのサブセット:

コマンド ラインまたはスクリプトから jags.parallel を使用すると、問題なく動作します。http://www.inside-r.org/packages/cran/R2jags/docs/jagsからこの変更された例を問題なく実行できます

ただし、関数でラップすると

次に、次のエラーが表示されます: get(name, 環境 = 環境) でエラーが発生しました: オブジェクト 'y' が見つかりません

に

これを回避するより良い方法はありますか？

ありがとう、グレッグ

PS

私は他の誰かのためにこのコードに取り組んでいるので、パッケージの作成者に提案するつもりですが、R2jags パッケージの内容を変更して、エクスポートする環境を渡せるようにしたくありません。

JAGS マニュアルを読みましたが、同じ事前分布を JAGS / R2JAGS モデルの複数のパラメーターに割り当てる方法が見つかりませんでした。

たとえば、現在、次のような多くのコードを繰り返さなければなりません。

このコードを乾かすには?

私は PyMC を使用して、病状の 4 つの異なる予測因子を入力として取り、それらを組み合わせて、「はい、この患者にはこの状態があります」という予測因子のサブセットが与えられた場合に、患者がその状態にあるという全体的な事後確率を生成しようとしています。

アイデアは、ベータ分布から各予測子のシータ (条件の全体的な割合) と偽陰性および偽陽性の割合を選択し、そこからベイズの定理を使用して周辺確率と事後確率を計算することです。カウントの 16 個の観測値の配列があり、予測子の可能な組み合わせごとに 1 つです (4 つの予測子があるため、予測子の可能な組み合わせは 2**4 = 16 通りあります)。PyMC チュートリアルhttp://pymc-devs.github.io/pymc/tutorialの次の例で、disasters_array をポアソン分布で使用する方法と同様に、この最後のカウント セットと限界確率を多項分布に入力しています。 .html .

これを試して実行するために私が書いたコードは次のとおりです。

これを実行すると、カウントを計算するときに、最後の行でエラーが発生します。

明らかに、このエラーは、PyMC が Multinomial() に入力している値を気に入らないことに関係していますが、どちらが間違っているのかわかりません。値は counts_array (カウントの観測値) である必要があり、n は 16 である必要があります。これは、カウントに 16 項目の配列を選択し、予測子の可能な組み合わせごとに 1 つ、p が限界確率であり、観測されたものである必要があるためです。私は値を観察したので、真でなければなりません。

私は何を間違っていますか？

編集:それが役立つ場合、以前は次のコードを使用してR2jagsでこれを行っていました:

R2Jags パッケージを使用しています。

最初に次のようにモデルを取得します。

しかし、次を使用して X1 の事後値を取得すると、次のようになります。

私は得る：

エラー: オブジェクト 'X1' が見つかりません

私の質問: これを修正するにはどうすればよいですか?

前もって感謝します。

このようなベータ二項モデルがあります

ここで、$B$ はベータ関数です。

パラメータ $\theta_1,\theta_2,\ldots,\theta_5$ を推定したいです。

私は最尤法を使用しました：

次に、以下のように MCMC を使用しました。

MCMC 推定は最尤推定と一致します。

最後に、次のようにジャグを使用してパラメーターを推定しました。

この方法での推定は非常に奇妙で、以前の値とは異なります。jags 関数のどこがおかしいのかしら!? 事前にコメントや提案をありがとう。

https://ehc.ac/p/mcmc-jags/discussion/610037/thread/dc35eac1/#4823

私はパッケージを使用しており、関数を使用して計算を高速化しR2Jagsたいと考えています。jags.parallel次のコードを使用します。

私が得るエラーはですError in file(con, "w") : all connections are in use。

誰がこれを引き起こす可能性があるか知っていますか? 前もって感謝します。

rjags を使用して以下のモデルを適合させようとしていますが、次元の不一致エラーが発生します。モデルは WinBUGS でうまく動作しますが、コードを変更する方法がわかりません。助けてくれてありがとう。

データ：

チェーンの初期値

モデル

エラー

jags.model(file = "model.txt", data = dataset, inits = inits, のエラー: 実行時エラー: ノードを y1[1:2,1:2] に挿入できません。次元の不一致