問題タブ [r2winbugs]

私は OpenBUGS を初めて使用し、logit() 関数を使用してモデルを適合させる際に問題が発生しました。

周りを読んで、これに対する1つの可能な解決策は、WinBUGS独自のロジット関数を使用せずにロジット関数を明示的に指定することであることがわかりました:

より複雑なモデルでは、WinBUGS 独自の logit 関数を使用するときに、たとえば収束を達成する際に問題が発生することがよくあります (実際には、かなり単純なモデルでも問題が発生する可能性があります)。したがって、その変換を logit.p[i] <- log(p[i] / (1 – p[i])), p[i] <- exp(logit.p[i] で明示的に指定する方がよい場合がよくあります。 ]) / (1 + exp(logit.p[i])) または p[i] <- 1 / (1 + exp(- logit.p[i]))。

(詳細はこちらhttp://www.mbr-pwrc.usgs.gov/software/kerybook/AppendixA_list_of_WinBUGS_tricks.pdfのポイント 14.)。

問題は、それを行う方法がわからないことです。WinBUGS 統合ロジット関数を使用した元の尤度関数が次のとおりだったとします。

どのように私はそれを明示的に書きますか？

どうもありがとうございました。

ヴィンチェンツォ

私は、例 6.a で行ったように、ネットワーク メタ分析を使用してさまざまな処理の効果サイズを計算するためのガイドに取り組んでいました。 ここ

winBugs では問題なく動作しますが、R2winugs を使用して R で分析を行い、データ入力を自動化できるようにしたいと考えています。

ログによるとモデルは問題なく読み取れますが、データの読み取り中にハングアップします。

EG 表示 (ログ) チェック (C:/Users/Temp User/.../Plaque_Psoriasis_Project/RE_Psoriasis.bug.txt) モデルは構文的に正しいデータです (C:/Users/Temp User/.../Plaque_Psoriasis_Project/data.txt) )

これは、プログラムがハングアップする場所です。トラップ画面は次のように表示されます

互換性のないコピー

BugsCmds.TextError [000003A1H]

.......

私は次のようにデータを読み取ろうとしました：

data <- list(t=t,C=C,r=r,n=n,na=na,nc=nc, ns=ns, nt=nt, Cmax=Cmax, meanA=meanA, precA=precA)

そして

data <- list("t","C","r","n","na","nc", "ns", "nt", "Cmax", "meanA", "precA")

どちらも機能しません。

R2winbugs にドキュメンテーションのおもちゃ学校の例を実行してもらい、動作できるようにしました。

何かご意見は？

大規模なデータ セット (590 万行) を使用してモデルを実行しようとしています。エラーが発生しますmade use of undefined node ...

サンプル データ セットのサイズが 8900 行に達し、その時点でエラーが発生するまで、モデルを正常に通過する多くのサンプル データ (より大きなデータ セットから) を試しました。

必要に応じてサンプル データを作成してモデルのデモを行うこともできますが、使用しているデータの量に関連しているだけなのかどうかわかりませんでした。問題の変数 (ノード) が別の場所で定義されており、サンプル データで正常に動作するため、エラー メッセージに少し混乱しています。

モデルはかなり長いので、メモリの問題などはすでに予想されていました。

敬具

R と WinBugs での意思決定のために、特定のベイジアン モデルを実行したいと考えています。RStudio と R2WinBugs を使用しています。モデルは次のように与えられます。

基礎となるデータは、readMat() メソッドによって読み込まれた matlab ファイルによって提供されます。

alldata <-readMat("file.mat")。

RStudio でこのファイルによって提供されるデータを確認できるため、これは実際に機能しています。このファイルには、配列 x、v、p、y、m が含まれています。これらの配列はリストに格納されます

data<-list(alldata$x,alldata$v, alldata$p, alldata$y, alldata$m)。

現時点では、init として値 NULL を使用しています。これは、WinBugs がデータを生成することを意味します。しかし、データを生成するために WinBugs が必要なのか、それとも自分で指定する必要があるのか​​はわかりません:

サンプル <- bugs(data, inits=NULL, parameters, model.file = "Path/SearchStop.txt", bugs.directory = bugsdir, debug = TRUE )

これにより、次のエラーが発生します。

R2WinBugs では、どの変数が未定義であるかについての正確な情報はありませんが、Matlab で試していたときに、z1 が未定義であるというエラー メッセージが表示されました。

私はRの「R2OpenBUGS」で作業しています.mcmcチェーンがあります：

私の質問は、codaPkg = TRUEのときに DIC を出力する方法です。codaPkg = FaLSE の場合、print(mcmc) を実行すると、最後に DIC 値が出力されます。

しかし、「codaPkf=TRUE」の場合、次のように表示されます。

では、どうすれば DIC 値を出力できますか?