問題タブ [r2winbugs]

私は現在、いくつかの臨床試験にわたる生存データのメタ分析に取り組んでいます。

これを行うために、同じ方法論を使用して公開された分析からのコードがあります。ただし、公開された分析のデータを使用してこのコードを実行すると、結果を再現できません。実際、結果はいかなる種類の合理的な推定値にも収束しません。

コード自体 (データを含まない) は、作成者から直接提供されているため、正しいはずです。問題は初期値またはサンプリングの実行方法のパラメーターに関係していると思いますが、多くの初期値、バーンインの長さ、間引きなどで遊んだ後...意味のある結果が得られませんでした。

これを実行する方法（初期値など）について、適切に実行するための提案をいただければ幸いです。あるいは、コードに問題がある場合、またはデータがコードと一致しない方法で設定されている場合は、それを知っておくと役立ちます。

補足として、私は R2WinBUG を使用して分析を行っていますが、WinBUG のみを使用しても同様の問題が発生しました。

メソッドの背景を少し追加します。

これが機能する方法は、変量効果を使用して、複数の研究にわたる処理間の再パラメータ化されたワイブル分布の形状およびスケール パラメータの違いを推定することです。

ワイブル分布は、ハザード率の対数が a+b*log(t) になるように再パラメーター化されます。ここで、a はスケール パラメーター、b は形状パラメーターです。このことから、一定期間内に指定された数の患者から指定された数の失敗の尤度関数を計算できます。

残念ながら、この記事は公開されていますが、アクセスできる場合は、次のリンクを参照してください 。

モデルに入力された変数の簡単な要約:

NT: 含まれる個別の治療の数。

N: メイン データセットの行数。NS: 研究数

s: データの行が対応する研究 (これは 1:6 の番号が付けられています)

r: この治療/研究の間隔で失敗した患者の数

n：この治療/研究の間隔の開始時にリスクのある患者の数

t: この行のデータが対応する処理 (1:3 の番号)

b: どの処理が他の処理と比較されるベースライン処理であるかを示します (各行で 1 に設定)。

bs: この研究の対照群である治療

bt: 本研究の研究部門である治療

WinBUGS コード (データを含む):

作業モデルを適応させ、WinBUGSR を使用して軽減しようとしているときにR2WinBUGS、いくつかのエラー メッセージが表示されました。の仕様に関連していると思いますがinits、問題を解決できませんでした。

最初はエラーメッセージが使用されていましたinits1：

Uwe Liggers による提案された修正「リストを含むリスト ソリューション」を読んだ後、inits1 をinits2次のように変更しました。

エラーを受け取りました：

この投稿"getting-winbugs-leuk-example-to-work-from-r-using-r2winbugs" で AndyCによって提案された修正も試みました。を次のように変更initsします。

エラーを受け取りました：

これは私の試みR2WinBUGSです。注意してください、私はinits動作しなかったコードにいくつかを含めました：

これは、ブリストル大学とレスター大学が開催したコースから採用された作業WinBUGSコードです。WinBUGS

Q: WinBUGS データ ファイルの最大データ行数を教えてもらえますか?

最大値があることをどのように知りましたか。 R2WinBUGS で WinBUGS モデルを構築およびテストしているときに、6 つの変数 (18750 行) のすべての可能なデータの組み合わせを含むダミー データ セットを構築しました。R でコードを実行することにより、WinBUGS はモデルを構築し、データをロードした後、クラッシュしました。これを WinBUGS で直接繰り返した後、データ ファイルの最後に 'END' がありますが (その後に必要な空行を含む)、データのロード中に 'expected key word END' というメッセージが表示されました。多くのデータ行を切り取ると問題が解決することがわかるまで、しばらく時間がかかりました。ネットで見つけた WinBUGS マニュアルやチュートリアルには (私の知る限り) 情報はありません。

更新: 372 行では長すぎることがわかりました。216 行で問題ありません。254が最大長だと思います。

答え

これはたまたま発見。問題はデータの長さではなく、X.XE-4 の代わりに X.Xe-4 が存在することでした (マニュアルに明確に記載されています。 word END'. データ長を制限すると、データ セットで小さな数値が得られる可能性が制限されました。

コマンド plot() を使用して、バグ モデルでの収束を説明したいと思います。出力の例を次の図に示します

みんなのおかげで、この出力をうまく読めるかどうかわかりません:)

ライブラリ (R2WINBUGS) を使用して上記のコードを実行すると、winbugs パネルに次のメッセージが表示されます。

予期されるコレクション演算子 c compile(2) inits(1,C:/Users/molasey/AppData/Local/Temp/RtmpmAA9bi/inits1.txt) コマンド #Bugs:inits を実行できません (グレー表示されます)

助けてください。

これがばかげた質問ではないことを本当に願っていますが、非常に単純な空間ベイジアン モデルをシミュレートしようとしていて、WinBUGS ウィンドウに何らかの「互換性のないコピー」メッセージが表示され続けます。

私はデータをシミュレートしています:

そして、ここにモデルがあります：

このことが機能しない理由の手がかりはありますか? 本当に簡単なことでしたら申し訳ありません。本当にありがとう！

R2OpenBUGS ライブラリを使用して、R から階層モデルを評価しようとしています。私はすでに同様の質問への回答を見てきましたが、何もうまくいかなかったようです。誰かが助けてくれたらとてもうれしいです。

モデルは以下。

ログで私が得る：

問題は、a[i] と d[i] に事前手段のベクトルを与えようとしたときに始まります。これらの手段を「0」に設定すると、コードが機能します。

OpenBUGS でマルコフ モデルを実行して、遷移確率を推定しようとしています。しかし、「配列インデックスは整数ではありません」というエラーが表示されます。これが私のモデル コードです。

そして、ここにRコードを含む私のデータがあります:

誰でも親切にエラーを解決するのを手伝ってもらえますか?

そのため、母集団のハザード モデルを実行している間、このコードに取り組んできましたが、最初のパラメーターの 1 つで、修正方法がわかりません。これは、問題を引き起こしているコードの領域です。私は Notebook++ でコーディングし、R で実行しています。WinBUGS で開いて実行します。Hz.Scale は、私が苦労しているパラメーターであり、エラーが発生します。