runjags の出力をプロットするとき、他の多くの変数が同様の名前を持っている場合、1 つの特定の変数をどのようにプロットしますか? 引用符で囲まれた変数名をvars引数に指定しても、それは行われないようです (それでもすべての部分一致が提供されます)。

これは簡単な再現可能な例です。

R パッケージを通じて JAGS モデルを実行していますrunjags。JAGS 3.4 から JAGS 4.0.0 にアップデートしたところ、アップデートに関連すると思われる予期しない動作に気付きました。

まず、モデルを実行すると、警告メッセージWARNING: Unused variable(s) in data table:に続いて、モデルで参照され、データとして提供されるデータ オブジェクトのリストが表示されるようになりました。結果には影響しないようです (しかし、非常に不可解です)。ただし、これをいじっていると、いくつかの変数では事後変数が事前変数と実質的に同一であることに何度か気づきました (更新が発生していないことを示しています)。現在、更新の失敗を再現することはできないようですが、以下は奇妙な警告メッセージを示す再現可能なコード例です。ヘルプ ページのコード例でrun.jagsも同じ警告が生成されます。

R2jags2 つ目は、R パッケージの代わりにR パッケージを使用した場合に同じメッセージが表示されるかどうかを確認することですが、runjags(依存関係の 1 つ) が明らかに JAGS 4.0 と互換性がないため (JAGS 3 を探しているため)、R2jags読み込まれません。 rjags。バツ）。また、runjags関数 run.jags では、引数method="rjags"が機能しなくなったように見えますが、機能method="parallel"します。

runjags_2.0.1-4 と R 3.2.2 を使用しています。

だから私の質問は：

1) rjags は本当に JAGS 4.0 と互換性がないのですか? 4.0 に移行する動機は、インデックスとしてベクトルを使用することでした ( https://martynplummer.wordpress.com/2015/08/16/whats-new-in-jags-4-0-0-part-34-r-を参照)。スタイル機能/ )。

2) 未使用の変数の警告はどうなっていますか? それについて心配する必要がありますか?

ありがとう、グレン

コード：

私は JAGS を初めて使用し、9 つの非連続予測子を使用してバイナリ結果 (0/1) を予測しようとしています。Predictor の値は 0、1、または 2 です。これは初めてのことで、モデルを実行することはできますが、ここには多くの問題があることは 100% 確信しています。

データファイルのサンプル（一覧）

モデル

モデルからの推定値を初期値glm()として使用しました (A. Gelman の提案による) が、簡単にするために、チェーンの初期値を JAGS に選択させると仮定しましょう。

ランニングモデルなど

問題

私のモデルの出力は完全にオフに見えます (プロットしようとすると明らかになります)。ここには非常に基本的な問題があると確信しています。誰か助けてくれませんか？

どうもありがとう。

Rのrunjagsパッケージは素晴らしいです。並列機能と関数を使用するextend.jags機能により、私の生活はとても良くなりました。ただし、モデルを実行した後で、バーンイン フェーズをもっと長くすべきだったことに気付くことがあります。run.jagsパラメータ分布を再推定して収束を確認できるように、出力から余分なサンプルを削除するにはどうすればよいですか?

データ ブロックと data= 引数を持つ任意のモデルで、run.jags() から直感に反する動作が発生します。実際のモデルの run.jags に data 引数を使用しているように見えますが、データ ブロックで使用されているものを環境で検索しています。非常に単純なモデルの例を次に示します。

そのように実行すると、エラーが発生します。

ただし、呼び出し環境で変数「y」を作成すると、それが使用されますが、非常に奇妙な方法で使用されます。

したがって、長さを計算するために呼び出し環境からの y を使用して 3 に到達したように見えますが、実際のデータにはデータ リストからの y 値を使用して、mu=5 に到達しているように見えます。

rjags を使用すると、実際のモデルとデータ ブロック内の派生変数の計算の両方に data= 引数を使用して、期待どおりに動作します。

これは runjags のバグですか? data= 引数を使用して run.jags() をデータ ブロック内の計算に使用するにはどうすればよいですか?

runjags_2.0.3-2 と runjags_2.0.4-2 でこれを試しました

runjags が突然 (バージョン 2.0.3-2 への更新後) JAGS バイナリを見つけるのに問題が発生し、エラーが発生したようです。

この行を my に追加して、これを修正しましたRprofile。

これで問題はほとんど解決されます (理想的ではありませんが、以前のバージョンの runjags ではバイナリが自動的に検出されていました)。

ただし、関連付けられている .Rdata ファイルを開いて Rgui (Windows XP の場合) を起動すると、動作が停止します。

これはバグですか？これを修正する方法は？

runjags.options(jagspath = "c:/Program Files/JAGS/JAGS-4.2.0/i386/bin/jags-terminal.exe")現在、 の後にソースを呼び出していますrequire(runjags)が、これはできるだけ避けたいです!

Kruschke の Doing Bayesian Data Analysis の第 9 章から推定して、JAGS で階層分析を実行しようとしています。 2 つのミント、および各ミントからのコインの平均バイアスの推定値 (ミント バイアス: オメガ)。各ミントのバイアス、カッパの変動性を一定に保ちました。問題は、2 番目の造幣局から事後推定を取得できないことです。それは、前のものをサンプリングしているだけのようです。2 番目のミントの事後推定値を生成するために、モデル文字列テキストを修正する方法を知っている人はいますか (以下のステップ 3 を参照)。

以下の分析用スクリプト全体

生存データを使用してマーク再捕獲データのスプラインを計算するモデルがあります。モデルは正常に動作していますが、スプラインを計算するパラメーターの混合が非常に悪いです。

p基本的に、種固有の効果p.spとサンプリング努力で構成された再捕獲率を計算していp.effortます。phiまた、種固有の項phi.sp、年の影響phi.year、気候要因phi.sum.preci、およびスプラインを使用してフィットネス コンポーネントを計算しmます。