問題タブ [scanpy]

Python の定説は、virtualenv を使用して、同じパッケージの異なるバージョンを分離する必要があるというものです。他のほとんどのプログラミング コンテキストでは、これは問題になりません。たとえば、Linux では、あらゆる種類の異なるバージョンの動的ライブラリを /usr/lib64 に配置することができ、ローダーはバイナリに適したものを問題なく選択できます。

Python は、目的のバージョンのみを選択するメカニズムを提供します。そのため、複数の python パッケージ バージョンを 1 か所に保持しようとしています。つまり、適切なバージョンをロードするには、パッケージを次のようにラップする必要があります。

ここまでは順調ですね。ただし、require 行が次のように変更された場合:

その後、すべてが完全に崩壊します。実行の開始は代わりに次のようになります。

scanpy に制限が設定されていない場合は目的のバージョンがロードされましたが、制限が設定されている場合は 1.5.1 で停止するため、これは非常に奇妙です。

余分な制約がすべてを壊すのはなぜですか???

存在するこれらのパッケージのバージョンは次のとおりです。

これは実際には Red Hat ではなく CentOS 上にありますが、おそらく関係ありません。

ありがとう。

クラスターに基づいて anndata をサブセット化したいのですが、その方法がわかりません。

私は scVelo パイプラインを実行しています。そのtl.louvain中で、louvain に基づいてセルをクラスター化する関数を実行しました。約 32 個のクラスターがあり、そのうちクラスター 2 と 4 に興味があり、これらのクラスターでのみパイプラインをさらに実行する必要があります。(最初は scVelo で読んだ織機ファイルを持っていたので、現在は anndata を持っています。)

これを使用しadata.obs["louvain"]てクラスター情報を取得しようとしましたが、2 つのクラスターのみで新しい anndata を作成し、さらに処理する必要があります。

データをサブセット化する方法を教えてください。どんな助けでも大歓迎です。（初心者なのでなかなか手に入らないと思います）

フォントscanpyサイズを変更できません。そうする方法はありますか？

たとえば、このコード行をどのように編集すればよいでしょうか?

sc.pl.dotplot(df, ["gene"], 'CellType', dendrogram=True, save = name)