問題タブ [sweave]

Lyx 1.6.8 と xtable で pgfsweave を使用しています。表のキャプションを提供する

lyx>Insert>Cross-reference メニューからテキスト内で相互参照できる表のキャプションにラベルを挿入するにはどうすればよいですか?

私は挿入しようとしました>フロート>テーブルと挿入さ print(xtable(<dataframe>,floating=FALSE))れ "Here is my caption"、テーブルキャプションの内側のフレームに挿入されましたが、これは(文字通り)次の結果になります:

相互参照する裸足の回避策でも

ERTボックスから。

Sweaveレポートから作成されたすべてのgraphics.pdfで、シェルスクリプトベースのpdfcropを使用したいと思います。したがって、すべてのグラフィックが.aux .logファイル（など）のようなすべてのラテックスのものが配置されている場所にドロップされるのではなく、サブフォルダーに保存されていると便利です。特定のディレクトリ内のすべてのファイルでcropスクリプトを使用する必要がある場合は、はるかに簡単です。

これが私のSweaveチャンクです：

スウィーブコードを実行すると、mygraph.pdfはreport.texファイル自体と同じディレクトリに保存されます。

このファイルを/graphicsのような既存のサブフォルダーに保存する方法はありますか？

この質問の改良として、パッケージのRweaveHTMLドライバーを使用するときに、すべてのグラフィックスを特定のディレクトリに配置するように Sweave (またはより良いドライバー) に指示する方法を知っている人はいますか? R2HTMLそのためのオプションが見つかりません:(

(この質問は、昨日 tex.stackexchange に投稿した質問に近いものですが、ここに投稿するべきだったことに気づきました。)

Vim latex-suite を使用して.Rnwファイルをインデントすると、Sweave ブロック (例: のような行<<>>=) がインデントされます (項目別リストなどでインデントされたテキストに続いている場合)。残念ながら、Sweave コマンドは最初の列から開始する必要があるため、これは Sweave コマンドを「中断」します。

私は Vim で最小限のスキルしか持っていません。朝の検索では、私の~/.vim/indent/tex.vim(または他の関連する) ファイルを変更して Sweave ブロックのインデントをゼロにする方法がわかりませんでしたが、それに続くラテックス コードを適切にインデントする方法がわかりませんでした。何か案は？

次のコード スニペットに問題があります。

「myscatterplot.pdf」は、R の次のコードによって生成されます。

問題は、texworks (pdfLatex+makeindex+bibtex) でコンパイルしたときの結果の LaTeX ドキュメントにはグラフ軸がありますが、プロットまたは軸ラベルのポイントがまったくないことです (この場合、それは 3d 軸自体です)。R または LaTeX によって出力されるエラーまたは警告メッセージはありません。私は使っている：

• Windows 7 の R 2.12.1、
• MiKTeX 2.8、
• TeXworks
• Adobe Reader 9 (これが関連しているかどうかはわかりません...)

\includegraphics コマンドを使用して図の png バージョンを含めることができました。adobe で「myscatterplot.pdf」を開くと、ドキュメントに必要な図が表示されます。

回避策として tikz パッケージを使用しようとしましたが、scatterplot3d によって生成された情報が多すぎて、メモリ サイズが原因で結果の図をラテックス ドキュメントに含めることができないようです (エラー (実際のプロットには 10000 + ポイントがあります! ）。

問題は「.pdf」ファイルのフォントが原因である疑いがありますが、使用してpdfフォントを変更しようとしました

\includegraphics(changefont.pdf) を使用した場合とまったく同じ結果になります。

私が考えている他の考えられる問題は、おそらく scatterplot3d 出力が実際には複数の画像であり、\includegraphics が pdf ファイルから最初の図 (軸) のみを取得していることです。この場合、私はまだそれを回避する方法がわかりません。

最終的には Sweave を使用してこれらすべてを実行したいので、回避策があれば本当にありがたいのですが、そうでなければパッケージの美しい出力に不満を感じています!

ご回答ありがとうございます。

編集1：

そのため、最初に推奨されたのは、pdf ではなく EPS 形式を使用することでした。これにより、いくつかの結果が得られましたが、私が望んでいたものではありませんでした。私は以下を実行しました：

を使用して「change.eps」を生成しました

これにより、改善が得られました (奇妙なことに、ラテックス出力でプロットが時計回りに 90 度回転したにもかかわらず!)、ラテックス出力に散布図の軸とポイントが含まれるようになりました! ただし、ghostview を使用して "change.eps" を開いても、軸ラベルは Figure に表示されず、軸はプロット内にあります。scatterplot3d が図を出力する方法は、 \includegraphics が図を検索する方法と一致しないようです...

そのため、軸ラベルを含むこれに対する解決策をまだ探しています。

Sweaveドキュメントの出力でカラーシンタックスハイライトが機能するようになった人はいますか？Sweave.sty次のようにファイルにボックスなどを追加することで、出力スタイルをカスタマイズすることができました。

そして、次のように、mintedパッケージでドキュメント内の逐語的なコードブロックの構文の強調表示を行うことができます。

しかし、R入力セクションの2つを組み合わせる方法がわかりません。私は次のことを試しました：

助言がありますか？

私はSweaveとcacheSweaveを喜んで使用しています。

ときどき、あるセクションに非常に長い時間（20分程度）かかるドキュメントがあり、処理後、作成したオブジェクトを開いて、インタラクティブセッションでそれらを試してみたいと思います。

おそらくデータベースなどに対して直接フェッチすることによって、それを行う方法を知っている人はいstashRますか？

Jeromy Anglimによって概説されたアプローチを使用して、メイクファイルを使用して R での分析レポートの Sweave の実行を自動化し、大きな成功を収めてきました。最近、cacheSweave パッケージについて聞いたので、その機能を Rnw ファイルに組み込みたいと考えています。ProjectTemplate パッケージを使用して、起動時に必要なファイルをすべて読み込みますが、生データ ファイルを前処理する必要があるため、時間がかかります。cacheSweave ビネットの例は、R セッション内で cacheSweave ドライバーを使用して Sweave を実行する方法を示しています。

コマンドで cacheSweaveDriver を使用して Sweave をバッチ モードで実行するにはどうすればよいですか? 私のメイクファイルでは、これが Sweave を呼び出す方法です。

Emacs+ESS を使用して .Rnw ファイルを作成し、make を実行しています。参照用の残りのメイクファイルは次のとおりです。

これで、Mac OS X 10.6マシンですべてが正しく機能するようになり、Rコード、出力、およびLaTeXフォーマットのスニペットを一緒に含むSweaveを使用して見栄えの良いLaTeXドキュメントを作成できるようになりました。残念ながら、私のワークフローは少し不格好で非効率的だと感じています。

1. TextWranglerを使用して、LaTeXコードとRコード（Rコードチャンクの上と下の<< >> =で囲まれています）を1つの.Rnwファイルにまとめて記述します。

2. 変更を保存した後、Sweaveコマンドを使用してRから.Rnwファイルを呼び出します

   それに応じて、Rは次のメッセージを出力します。

   これで、「Assign4.tex」でLaTeXを実行できます。

   そこで、Rディレクトリで.texファイル（Assign4.tex）を見つけ、それを~/Documents/.Rnwファイルが置かれているドキュメント内のフォルダーにコピーします（すべてを1か所に保持するため）。

3. 次に、TeXShopで.texファイル（Assign4.texなど）を開き、そこでpdf形式にコンパイルします。この時点でのみ、ドキュメントに加えた変更を確認し、「見栄えが良い」かどうかを確認できます。

ボタンを1回クリックするだけですべてをコンパイルできる方法はありますか？ 具体的には、TextWranglerまたはTeXShopから直接Sweave/Rを呼び出すと便利です。ターミナルでスクリプトをコーディングしてそれを行うことは可能かもしれないと思いますが、ターミナルの経験はありません。

ワークフローを合理化または改善するために他にできることがあれば教えてください。

ここで、stackoverflow で尋ねた以前の質問への回答を理解するのに苦労しています。

より効率的な R / Sweave / TeXShop ワークフロー?

特に答えはユーザーからのものです: las3rjock は、「makefile」を作成し、makefile を実行して、R (Sweave) で、次に LaTeX で .Rnw のコンパイルを自動化することを提案しています。メイクファイルが何か、または Mac OS X のターミナル (?) でどのように使用するかがわかりません。メイクファイルを作成して実行するには、手を握る必要があると思います。

前の質問の las3rjock からの回答を利用して、Sweave / LaTeX を実行するためのメイクファイルを作成する方法について、誰かが「ダミー」の指示を与えることができますか? ありがとうございました！