問題タブ [sweave]

私はよくSweaveを使用して、Rコードを実行することによって特定のチャンクが動的に生成されるLaTeXドキュメントを生成します。これはうまく機能しますが、シェルでコードを実行したり、Perlを実行したりするなど、さまざまな方法でコードチャンクを実行することもできますか？物事を混同できると便利なので、いくつかのシェルコマンドを実行してデータをフェッチし、いくつかのperlコマンドを実行して前処理し、Rコマンドを実行して分析することができます。

もちろん、すべてのRチャンクを使用system()して、貧乏人の代わりとして使用することもできますが、それではドキュメントを快適に読むことはできません。

残念ながら、OS XでStatET を使用して Eclipse で Sweaveを使用することに関しては、ぐるぐる回っています。

Fooデフォルトの場所にプロジェクトを作成し/Users/xxxx/Documents/workspace/Foo、Sweave ファイル ( Foo.Rnw) を追加すると、作業ディレクトリが として構成された R コンソールを使用して Sweave を実行しようとすると、${workspace_loc}. メッセージが表示されます：

An error occurred while running 'Processing 'Foo.Rnw'' in Workspace [R Console] R2.12_64 / RJ (Feb 26, 2011 5:58:04 PM). Path must include project and resource name: /Foo.tex

同じファイル (同じプロジェクトと同じワークスペースに保持されている) を Sweave しようとするとFoo.Rnw、今回は外部作業ディレクトリを使用するように構成された R コンソールを使用します (つまり、ではなく を使用し${workspace_loc}ます/Users/xxxx/Documents/R_data)、ファイルは処理されますpdf が生成されます。ただし、すべての出力、、、、、Foo.auxなどFoo.log)は外部ディレクトリに表示されFoo.pdfます。これによりFoo.tex、1 つのディレクトリ内のファイルがごちゃごちゃになります。Foo-fig1.epsFoo-fig1.pdf/Users/xxxx/Documents/R_data

これを調整し、Sweave を Eclipse で動作させ続けるための正しい方法に関するアドバイスは大歓迎です (そうでなければ私は非常に気に入っています)。

\Sexpr{}R オブジェクトの値を LaTeX テーブルに含めるために使用しようとしています。lmxtableの組み込みメソッドにはFstats、調整されたR-squaredなどが含まれていないように見えるため、基本的にRでオブジェクトxtable.lmのxtable.summary.lm要約出力を複製しようとしています(lmオブジェクトの要約出力の下部にあるすべてのものRコンソールで）出力を複製するマトリックスをxtable.summary.lm構築し、追加のものに関連する情報のデータフレームを構築して、\Sexpr{}. LaTeXテーブルの最後の行のすべての列をマージし、必要なすべての情報をテーブルのそのセルに渡すためにadd.to.row、コマンドを追加してこれを試みました。\multicolumn{}

問題は、式の式に"Undefined control sequence"forを取得することです。この二つは互換性がありませんか？もしそうなら、私は何を間違っているのですか？\Sexpr{}\multicolumn{}

ありがとう、

私のコードの関連部分は次のとおりです。

Sweave の \Sexper{} 内で条件を使用することは可能ですか? 私がやろうとしていることの例は

より精巧に、私は次のようなものが欲しい

コードの最初のビットを試すと、次のエラーが発生します。

何か案は？

ご協力いただきありがとうございます、

-マーク

だから私はそのようないくつかのパラメータ推定値を持っています

そして私はそのようないくつかの標準エラーを持っています

そして、各パラメーター推定値のすぐ下の括弧に標準誤差があるラテックス（またはHTML）テーブルを出力したいと思います。

テーブルは次のようになります

ただし、適切なラテックス（またはHTML）の場合を除きます。Rからこれを行うにはどうすればよいですか？

私は再現可能な研究の大ファンです。私はよく make、Sweave、LaTeX、および R を使用して大規模な調査レポート (つまり、大量のSexpr()コマンドと大量のグラフと表) を作成します。

明らかに、R CMD Sweaveコンパイル時に R コード チャンク内の特定のエラーを識別します。ただし、結果として得られる PDF には、依然として望ましくない結果が含まれる可能性があります。そのようなドキュメントを校正するためのいくつかの戦略がありますが、SO について他の人から学ぶことに興味がありました。

質問:

1. 大規模な複数ファイルの Sweave プロジェクトに基づいて PDF を作成する場合、校正と品質管理に関連するヒントやコツはありますか?
2. 結果の PDF で発生する最も一般的なエラーは何ですか?
3. 生成された PDF のエラーを効率的に特定するにはどうすればよいでしょうか?
4. PDF と Rnw ソース間を効率的に移動するにはどうすればよいですか?

私は、再現可能な研究のために odfWeave を使用しています。Word で生成された .odt ファイルを使用して MS Office 2007 で一般的にうまく動作することを発見しましたが、\Sexpr{}コマンドはほとんど常に失敗します。Word が基になる XML を奇妙な方法で扱っているのではないかと思いますが、その問題を見て、それを機能させる方法を見つけた人がいることに興味があります。

ありがとう、

明細書

過去 2 日間検索してきましたが、Google で Stack Overflow やその他のディスカッションで同様の質問を見つけましたが、私の要求に一致するものは見つかりませんでした。

私がサポートしている既存のアプリケーションは、R を中心に構築されています。Sweave Rnw テンプレート ファイルは、.pdf ファイルの生成に使用される .tex ファイルの生成に使用されます。

Rnw 内には、次のような既存のコードがあります。

問題は、myReport$courseInfo$shortname に & などの文字が含まれているため、LaTeX 用にエスケープする必要がある値があることです (これにより、LaTeX はテーブルの列に関するエラーを強制的に発生させます)。seqinr ライブラリを含め、データ オブジェクト全体で stresc を使用しようとしましたが、生成された .tex ファイルには、スラッシュなしの & from shortname が表示されます。

私はまだ R に完全に精通しているわけではありませんが、テンプレートをいじってみると、\Sexpr 内で変数を直接指定するだけで値が出力されるため、上記の "print()" の呼び出しすら必要ないことがわかりました。 、しかし、.texに記録すると、エスケープされた値はエスケープされません。

また、stresc を (print ではなく) \Sexpr 内に直接配置しようとしましたが、違いはありませんでした。

したがって、R/Sweave 独自のプロセスでスラッシュが取り除かれているようです。つまり、値を二重にスラッシュする必要がある可能性がありますが、その方法を知るほど R に精通していません。

動的データを .tex ファイルに出力する適切な方法は何ですか?

UPDATE : @Aaron の応答に基づいて、作成した関数を次に示します。

更新されたテンプレート (上記の元の投稿で参照) は次のようになります。

そのため、 & を含む文字列は、生成された LaTeX ファイルに次のように正しく表示されるようになりました。

いくつかの文字列 \& 他の文字列

私のMakefile織りの流れは次のようになります。

Sweave ドライバーを、highlightパッケージを使用するように変更したいとします (たとえば)。これを行う最善の方法は何ですか？