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r - ape パッケージが提供する parafit 機能に関する質問
gopher.D ファイルの colnames は V1-V15 であり、lice.D ファイルの colnames は V1-V17 ですが、gophers と シラミの関連付けを示す HP.links には、gophers または シラミの特定の名前が含まれています。V1-V15 はホリネズミの名前の順序を表し、V1-V17 はファイル HP.links のシラミの名前の順序を表しているのだろうか? それとも、ホリネズミ/シラミの名前のランダムな順序ですか?
r - 同じトポロジーを持つツリーのノード ID のマッチング
同じトポロジーを持つ 2 つの系統樹があります (枝の長さを期待してください)。
R使用中ape：
2つの枝の長さの平均を計算したいのですが、問題は、それらのトポロジーは同じですが、ノードが表される順序が同一ではなく、すべてのツリーノードがヒントとラベル付けされているわけではないため、単純なものではないと思います.結合ソリューション:
そのため、枝の長さのペアをどのように対応させて、それらの平均をとるのかは明確ではありません。
それらを一致させる方法、またはt2に従って並べ替える方法はありt1ますか？
おそらくphytools'matchNodesメソッドはそのためのものですが、正しく機能しているようには見えません:
少なくとも、ヒントに正しく対応することを期待しています。つまり、次のことを意味します。
しかし、それは起こっていません。
各ノードの親がリストされているため、最終的にマッチングtree tibbleのための情報はこれらの にありますが、モードをマッチングするためにその情報を実際に使用するには、おそらくいくつかの再帰的な手順が必要です。
r - R の樹状図の非葉ノードのラベル
R の樹状図の形式で、いくつかの基準 (Column1、Column2、Column3) に従っていくつかの項目 (Name1、Name2、Name3、...) を分類したグラフを作成したいと考えています (樹状図の直交美学が好きです)。この目的を達成するために）。
各基準でアイテムとその分類を含む次の CSV (data.csv) があります。
そして、次の R コード:
現在、葉以外のノードにラベルのない次の画像を取得しています。
樹状図の非葉ノードのそれぞれにラベルを表示することが可能かどうか疑問に思っています。たとえば、Column1 の決定では (非リーフ ノードに関連する) 各エッジ上に "A" と "B" を表示し、Column2 の決定では各エッジ上に "C" と "D" を表示します。さらに、グラフィックの右側にアイテムの名前を入れることは可能ですか？前もって感謝します。