問題タブ [ape]

最近、ラップトップに新しいハード ドライブをインストールする必要があったため、すべての R パッケージを再インストールしています。R バージョン 3.5.1 をインストールし、コードを実行して、以前にインストールしたすべてのパッケージをインストールしました。ただし、特に一般的に使用される「ape」パッケージをロードすると、次のエラーが発生します。 Error: package or namespace load failed for ‘ape’: object ‘warnErrList’ is not exported by 'namespace:utils'

この特定の問題の解決策をオンラインで見つけることができませんでした。

ありがとう

132 個の観測値と 10 個の変数で構成されるデータセットがあります。これらの変数はすべてカテゴリ変数です。観測がどのようにクラスター化され、分散のパーセンテージに基づいてどのように異なるかを確認しようとしています。つまり、a) 特定の観測点を互いに引き離すのに役立つ変数があるかどうか、b) ある場合、それによって説明される分散のパーセンテージは何かを調べたいと考えています。

データに対して PCoA (基本座標分析) を実行するように勧められました。ビーガンとサルのパッケージを使用して実行しました。これは、csv ファイルを r にロードした後のコードです。データと呼びます

次に、pcoa データからベクトルを抽出するように言われました。

その後、132行が返されましたが、20列の値が返されました（たとえば、軸1から軸20まで）

変数が 10 個しかないのに、値の列が 20 列ある理由に当惑しました。10列しか得られないという印象を受けました。a) ベクトルが実際に何を表しているのか、b) 軸 1 と 2 によって説明される分散のパーセンテージをどのように取得するのですか?

data.pcoa私が持っていた別の質問は、距離行列で pcoa を実行した後に固有値を抽出する目的をよく理解していないということでしたが、それ以上の説明はありませんでした。

ape::read.tree私は自分のnewickファイルでやろうとしていました。18S と名付けたファイルの 1 つを除いて、すべてがread.treeうまくいきました。

各ツリーノードの名前に余分なスペース/ドットがあると思いました (残りのファイルにはノード名にスペース/ドットが含まれていないため) が、すべてのシンボルを削除した後も予期しないシンボルエラーが引き続き発生します上記の通り。

18S ファイル:

エラーが発生しなかったその他のファイル:

予期しないシンボル エラーの他の可能性を考えている人はいますか?

PS: 私は頻繁な R ユーザーではありませんでした。ちょうど keep.tip を実行しているときに R に出くわしました。残りのツリーではすべてがうまくいきますが、18S ファイルについてはまったくわかりません。

あなたの助けに感謝！