ポイントを既存の PCOA 空間 (R) に投影しようとしています。これは可能でなければならないという印象を受けていますが、どうすればいいのかわかりません。

これが私が得た距離です（おもちゃの例）：

バイプロットは、私が望む表現を生成します。ここで、新しい点 P=(x,y,z) を指定して、それを上記の空間に射影したいと思います。これが必要で、この点を元のマトリックスに単純に追加できない理由は、この新しい点が異常値になり、元の空間の投影を変更するためです。私が知りたいのは、汚染されていない表現と比較して、この点がどこで終わるかを知ることです。

また、実際には実際にはユークリッド距離を使用していないため、PCA を実行することはオプションではありません。

Android でチャットするための APE プロトコルの実装を書いています。接続要求を送信すると、答えは次のとおりです。

私のPOJOは：

JSON を解析するときに例外があります。

したがって、例外は: UnknownLengthHttpInputStream です。たぶんこれが問題かもしれません: サーバーからの応答コンテンツ タイプは text/html (変更できません) であるため、このタイプを Jackson コンバーターでサポートされているメディア タイプに - methodを使用して追加しました。それがエラーの理由でしょうか？

Android でのチャット用の APE プロトコルの実装を書いています。あるケースでは、リクエストを送信する必要があります。これは、別のリクエストを送信するまでサーバーに保持されます (その後、サーバーは最初のリクエストに応答を返します)。

Robospice を使用してこの操作を適切に行うにはどうすればよいですか? 2 つのスレッドを使用するようにライブラリをセットアップしましたが、正常に動作しません。最初のいくつかのリクエストはうまく機能しますが、しばらくすると Robospice が言うようになりますrequest added to queueが、リクエストは送信されません。

ログを添付します。

このコードを使用して最初のリクエストを行い、ループを開始して 10 秒ごとに次のリクエストを行います。

期待どおりに動作しない理由はありますか?

こんにちは、リストに関数を適用する形式である multiphylo オブジェクト内のすべてのツリーを並べ替えようとしていますが、これは以前に行ったことがあります。ただし、パッケージ APE から「再注文」コマンドを取得して、マルチフィロ オブジェクト全体で lapply または treeapply を操作できないようです。私の関数は、lapply を使用して multiphylo オブジェクト全体で実行されますが、実際にはツリーを並べ替えません。元の順序付けられていないツリーを返すだけのようです。どんな助けでも大歓迎です！

私のコードの例

編集:それは私のデータだけではないようです。100 本の木をシミュレートするコード行を追加しましたが、関数はシミュレートされた木を適切に並べ替えません。

ここで定義されている方法論を使用して、ブートストラップで系統樹を構築しようとしています。私は巨大なデータセットを持っているので、各個人の名前（この例のために1、2、3、4などと名付けられています）をプロットすることは有益ではありません。そのため、個体の種族に合わせて穂先に色を付けたいと思います。個々の種の情報は、種と呼ばれる別のマトリックスに格納されます。

それにもかかわらず、fit$tree$label で個人の名前をその種に置き換えようとしたときはいつでも、結果はベクトルを空にすることだけです。おそらくこれは、 fit がクラス pml のオブジェクトであり、これが私の戦略と競合するためですが、よくわかりません。個々の種に基づいて木の先端に色を付ける方法はありますか? 今のところ、私のコードは次のようになります。

再現可能な例

以下を「myalignment.fasta」という名前で保存し、上記のコードを実行します。遊ぶおもちゃの例を作成する必要があります。