問題タブ [biojava]

biojava add sequence を既存のプロファイルアライメントに使用できるかどうかお尋ねしたいと思いますか? つまり、既存のプロファイルを安定させたいということです。整列する新しいシーケンスを追加すると、プロファイルにギャップが表示される場合、それは列全体になります-それは私が取得したいものです.

特定の配列から二次構造を予測するために biojava で使用する方法はありますか?

または、誰もいない場合、どうすれば実装できますか? ソースコードはありますか？推奨するexeはありますか？

BioJava ライブラリを使用して構造的アラインメントを試みています。ある構造体オブジェクトからいくつかのチェーンを 1 つずつ選択し、それらを別の構造体オブジェクトに追加して、それらと構造的なアライメントを行うことができるようにしたいのですが、まだ方法がわかりませんでした。これまでに書いたコードは以下ですが、nullポインタ例外が発生します（おそらくnew_structurenullに設定されているため）。他に何を試すことができますか？

こんにちは皆さん、私は biojava の初心者で、このコードを実装しようとしています:

これらの行を実行した後、次のエラー メッセージが表示されます。

スレッド「メイン」の例外 java.lang.NoSuchFieldError: lineSplit at org.biojava.bio.structure.align.util.UserConfiguration.(UserConfiguration.java:87) at org.biojava.bio.structure.align.util.AtomCache. (AtomCache.java:115) protein_structure.main (protein_structure.java:27) で Java 結果: 1

このエラーの理由がわかりません。使用しているタンパク質の pdb ファイルをダウンロードしました (この場合は /tmp/ ディレクトリの「4HHB」ですが、それでも同じエラーが表示されます。Atomcache の方法を教えてください。関数は動作しますか?ありがとう

Java を使用して、2 つの大きなテキスト ファイル (約 2 または 3 GB) のデータから大きなテキスト ファイルを作成したいと考えています。これらのテキスト ファイルの数値を比較しながら、これら 2 つのファイルを 1 つにマージする必要があります。1 つのファイルには、次のような情報が含まれています。

ベッドファイル（バイオインフォマティクスで使用）に他なりません。また、別のファイルには次のような情報が含まれています。

それはfastaファイルに他なりません（バイオインフォマティクスで使用されます）私がしなければならないことは、ベッドファイルから行を選択し、その染色体の開始位置と終了位置のfastaファイルから配列を抽出する必要があることです（ベッドファイルの2番目に記載）および 3 番目の列) を作成し、次のようなファイルを作成します。

小さなファイルでそれを行うことができ、動作します。各入力ファイルの行を分割し、2 つの に格納しますArrayList。次に、2 つの s の要素を比較しますArrayList。要素が一致する場合、2 つのファイルの特定の行をマージします。

小さなファイルで機能する私のコードは次のとおりです。

BioJavaウィキペディアから非常に単純なサンプルのコピーと貼り付けを実行しようとしました。

ただし、実行すると、次の例外が発生します。

バージョン：

Maven を使用して構築された Netbeans RCP アプリケーションで BioJava を動作させるのに問題があります。POM でパブリックとして org.biojava.* および org.forester.* パッケージを含む、Maven モジュールをラッパーとして作成しました。次に、別のモジュールからラッパーを依存関係として設定し、テスト用に BioJava クックブックのいくつかの基本的な例を使用します。

BioJava からクラスのオブジェクトをインスタンス化しようとすると、アプリケーションがフリーズし、Windows タスク マネージャーを使用して強制終了する必要があります。

ラッパーの pom ファイルは次のとおりです。

ここに私が仕事をしようとするいくつかのコードがあります。これは、TopComponent のボタンから呼び出される非常に大まかな例です。入力と出力は単なるテキスト フィールドです。

リーダークラスは次のとおりです。

(Netbeans) IDE では、クラスが検出され、オートコンプリートで使用され、プロジェクトが正常にビルドされます。いずれの場合も、主に依存関係が正しく設定されていることを示しています。

Netbeans で biojava の 1.8.1 リリースを使用し、ChromatogramGraphicクラスを使用してクロマトグラムのイメージを作成しようとしています。( http://www.biojava.org/docs/api1.8/ )

クロマトグラムにアクセスするためのファイル チューザーを作成し、ChromatogramFactory (biojava から) クラスを使用して、ファイルからクロマトグラム オブジェクトを作成します。

どうやら、これ：

http://biojava.org/pipermail/biojava-l/2003-June/003896.html

コードは私が望むものを達成できます。私はそれが何をするのか理解していません.JFrameに画像を描画するために同様の構文を使用できるとは思いません.

どんな助けでも大歓迎です。

【今までのこと。そのほとんどが何をするのかわかりません。]