問題タブ [biojava]

(DNA 配列の) クロマトグラムの画像を作成しました。

各ベースコールに番号を付けるにはどうすればよいですか?

写真のピクセル長と塩基数を取得できます。これらを割ると、ベースコール間の平均距離が得られ、各ベースコールがどこに行くかの適切な概算が得られます。

写真の上部に数字 (1 - [塩基数]) を配置するにはどうすればよいですか?

GUI の図とプログラムの外観は次のとおりです。

https://drive.google.com/file/d/0B5nGPfKaY21KVFVsaE9XSHJmWG8/view?usp=sharing

ソースコードは次のとおりです。

[getChrom ボタンが押されると、renderTrace メソッドが実行され、トレースがレンダリングされます。]

クロマトグラムを作成するために biojava を使用しています。

クロマトグラムはイメージです。各ベースコールは長方形内に保持されます。

x 座標 (左側) を取得するには: gfx.getCallboxBounds(int i).getX();

幅を取得するには: gfx.getCallboxBounds(int i).getX()

ここで、整数 i は、クロマトグラムを構築する長方形の配置における長方形を表します。

特定のベースの信頼値を取得するには:

(confidence という配列を作成します) confidence[i - 1];

ここで、i は問題の塩基です。

信頼値は 1 から 70 の間で報告されます。画像の高さは 240 ピクセルです。

各ベースコールの幅に対して、シーケンスに沿って相対的な高さで 2 ピクセルの太さの灰色の線を印刷したいと考えています。

たとえば、basecall (Rectangle) 60 の品質が 40 で幅が 20 の場合、灰色の線は幅 137 ピクセル (40 / 70 * 240) で描画されます。

トレースを描画するメソッドは次のとおりです。

編集:また、シーケンスの長さは長方形の数と同じです。シーケンス内の各文字は、各長方形と同様にベースコールを表します。

pdb構造2a65を読む 「タンパク質の一部」ではなく「タンパク質のリガンド」と見なすべきアミノ酸残基のケースに直面しています。

PDB ファイルと cif ファイルでは、この LEU.601 残基は HET としてタグ付けされていますが、残念ながら LEU という名前であるため、Biojava が自動的に ATOM としてタグ付けしているようです。「タンパク質鎖A」とリガンド「LEU.601」を区別する方法を知っている人はいますか?

2a65.pdb のサンプル:

私の biojava コードのスニペット:

そしてそれが生成するもの：

次のコード:

...次の一連のエラー メッセージが表示されます。

Biojava 4.2.4 のすべての jar ファイルを手動でダウンロードし、それぞれをデスクトップ フォルダー (クラスパスに含まれる) に保存し、クラスパスに個別にリストし、両方を C:\program files\java\jdk1.8.0 に保存しました。 _112\jre\lib\ext および C:\program files\java\jdk1.8.0_112\jre\ext でも、エラーは解決されません。

Windows 10 マシン、Java JDK8_112、および BioJava 4.2.4 を使用しています。

どんな助けでも大歓迎です。

ありがとうございました。

アラインメント後に 2 つのアミノ酸配列の違いを取得したい

たとえば、次のようになります。

アミノ酸の変化とそれがどこで起こるのか知りたいです。

これが私のコードです：

使用可能な出力が得られません。T2A、E5Y を含むオブジェクトを取得するにはどうすればよいですか?

あなたの助けとコメントに感謝します！