問題タブ [biopython]

略語のリストがあります

文字 = ['Ala', 'Asx', 'Cys', ... 'Glx']

これを次のようなテキスト ファイルに出力したいと考えています。

#文字 Ala、 Asx
、Cys、..... Glx

初心者プログラマーはこちら！私はいつも最も単純なことを忘れます！ああ

助けてください、ありがとう！

Hii I am getting the following error in Biopython: 'return' outside function (filename.. line 26) Below is the code of myfile PLEASE HELP

このエラーを取得する: トレースバック (最新の呼び出しが最後): ファイル "C:\Users\Hemant\Desktop\RandonProteinSequences.py", line 10, in import Bio.writers.SeqRecord.fasta ImportError: No module named writers.SeqRecord.fasta

Mac 10.6.7、およびgcc4.2がインストールされたxcode4を使用しているim。しかし、コマンドにpython setup.py installを指定してbiopythonをインストールすると、gccでエラーが発生します。

予備のGenBankフラットファイルを解析する必要があります。シーケンスはまだ公開されていないので、アクセッションで調べてFASTAファイルをダウンロードすることはできません。私はバイオインフォマティクスに不慣れなので、誰かがこれを自分で行うためのBioPerlまたはBioPythonスクリプトを見つけることができる場所を教えてもらえますか？ありがとう！

PDB構造が1つあります。この構造には13残基があります。forループを使用して2つの原子（C、O、N、Sのみ）間の距離を見つける必要があります。まず、1番目と2番目の残基の間の距離を見つける必要があります。その後、1番目と3番目の残基。1番目と13番目の残基まで。forループを使用してPythonスクリプトを作成するにはどうすればよいですか？

私はWindows7を使用しています。Python2.7とBiopython1.57をインストールしました。次のスクリプトを作成しました。

しかし、エラーメッセージが表示されました。

Enthought Python Distribution v7.0-2（32ビット）を使用していますが、 biopythonのインポートに問題があります。EPDにbiopythonをインポートする方法を知っている人はいますか？numpy、matplotlibなどの他のライブラリを問題なくインポートできますが、import biopython認識されません。どうしたの？

助けてくれてありがとう。

次の内容のファイル「abc.txt」があります。

3つの文字列を作成したい..最初の文字列"a"には、EMBOSS_001（両方の行の）の後に書かれたすべての文字が含まれている必要があります。

2番目の文字列には、EMBOSS_002（両方の行の）から数字を引いたものの後にすべてを書き込む必要があります。

3番目の文字列Cは、両方の行のEMBOSS_1とEMBOSS_2（英数字または-）の間にあるものでなければなりません。

開始、終了（存在する場合）、およびCの中央の元のスペースはそのままである必要があります。この場合、CはAの「F」とBの「-」から始まるため、5つのスペースが先頭になります。

ありがとう

BLAST 結果の上位 10 シーケンスを取得したい (シーケンスのみ、アライメント、スコア、e 値などなし)。5 つの fasta ファイルを含むテキスト ファイルを入力しています。したがって、出力は各 fasta ファイルの上位 10 件のブラスト ヒットになるはずです。したがって、出力ファイルには 50 のシーケンスが含まれます。

Bio.SeqIO を介して各入力 fasta ファイルを読み取り、temp.faa として書き込み、サブプロセスを介してコマンドライン BLAST に次のように渡します。

出力には他にも多くの情報があります。この出力を今解析する必要がありますか、それとももっと良い方法があります。

ありがとう

PS XML は 1 つの方法かもしれませんが、関連する NCBIXML パーサー構文が見つかりませんでした。