問題タブ [circos]

Circos プロットを作成する目的で Circos に取り組んでいます。これは私の最初の試みです。コーディングのバックグラウンドはありません。現在、インストールで既に利用可能な .txt ファイル karyotype.human.txt を使用しようとしています。私は Windows システムを使用しており、Perl (コマンド ライン) アプリケーションを使用してコードを記述および実行しています。

ソフトウェアのインストールに成功したと思います。バージョンとモジュールも確認しました。ここまでは問題ないようです。ただし、コマンドが認識されないという通知が表示されるため、これ以上先に進むことはできません。

出力:「核型」は、内部コマンドまたは外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されません。

ここで何がうまくいかないのですか？「核型」コマンドの前に必要なコードはありますか?

行と列の数が異なる2つのデータフレームがあり、両方をサーコスプロットで表示したいと思いますcirclize.

私のデータは次のようになります。

df1上が表示され、下が表示されている単一のサーコス プロットを作成したいのですが、df2個々の dfs しか表示できません。たとえば、これは私が示す方法ですdf1：

df1 を上半分のみ、df2 を下半分のみにするにはどうすればよいですか?

このようなハーフサーコスプロットを作成したい

紙https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ajh.25831から 入手し、次の指示に従って R で circlize ライブラリを使用しています: https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/introduction. html#a-quiuck-glance

ただし、制限を変更して円の半分のみをプロットしようとすると、代わりに完全な円が得られます

私のコードは次のとおりです。

これは、セクション 3.4 セグメントの本のコードを調整することで得られました。

サーコス プロットの半分だけを表示するにはどうすればよいですか? ハーフ サーコス ヒートマップを実行したいのですが、和音/接続は必要ありません。この分析を行うのに適した別のパッケージはありますか? 私の入力は単なるマトリックスです。すでに分析を行っています。ありがとう！

サーコス プロットの生成を高速化する必要があります。プロットしている 25 個のリングがあり、元の perl バージョンではイメージの生成に約 30 秒かかります。(25 個のファイルを解析し、各リングを個別に構築します)。プロットは素晴らしく見えますが、30 秒ではうまくいきません。

JS バージョンはかなり高速 (~10 秒) ですが、必要な機能の一部が欠けています。Python バージョンは JS より遅いですが、perl よりは高速です。理想的には、1 秒以内にビルドしたいと考えています。

これが、ゼロから並列処理を再構築するための私の思考プロセスです。

1. JSON 経由でデータをインポートし、各行のデータを配列/辞書/オブジェクトに解析します
2. 25 スレッドのプールを生成し、各行のデータをそのスレッドにフィードして、その行の SVG を作成します
3. プールが完了したら、XML であるため手動で、または何らかのライブラリを使用して、25 個の SVG を 1 つに結合します。

私のバックグラウンドは C# と Typescript で、少し Python を使用しており、マルチスレッドの経験はないので、ここに私の質問があります。

1. これは私が説明したように機能しますか?

• つまり、ビルド時間が大幅に増加しますか?

2. どの言語を使用すればよいですか?

• Go をインストールし、SVG を正常に生成しました
• レイと一緒に行くべきですか？PCircos プロジェクトを取得して変換できる可能性があります。少なくとも、既に動作している大量のコードを取得できます。
• さびは素晴らしいように見えますが、私の能力を超えている可能性があります

前もって感謝します。