問題タブ [circos]

チュートリアルを読んでいて、startとendの を理解するのに問題がありましたlink。たとえば、hs1 と /hs[2-4]/ の間に 3 つのリンクがあります。

私の理解では、リンクに必要なのは 2 つのポイントだけです。なぜここで4ポイントが必要なのか理解できませんでした. また、ドキュメントには、リンクの開始と終了、およびオンラインの他のチュートリアルのみが記載されています。

私たちのデータを使用して、ここに掲載されている同様のグラフを作成したいのですが、「一部のギャップが大きすぎることを検出してください」というエラー メッセージが表示されました。一部の値が他の値と比較して非常に小さいためだと思いますか (例: 1 対 1812)?. 1 または 2 の後にいくつかのゼロを追加して、マトリックス 2 のようにデータにいくつかの変更を加えました。この範囲のデータを回避する方法はありますか? 実際のデータ (行列 1) を使用して、この美しいグラフをプロットしたいと思います。どんな助けでも大歓迎です。

私はすでにGD.pmをインストールしています。PNGをサポートしていることを確認したい。だから私がこれを行うことを確認するには：

ご覧のとおり。印刷しnoます。次に、次のプロセスで最新の GD を CPAN からダウンロードします。

インストールされたPNGサポートの特徴である次のような行が含まれていると思います：

しかし、代わりに私はこれだけを得ました：

このコマンドも成功しませんでしたsudo perl Makefile.PL -options "JPEG,FT,PNG"。表示されませんでしたGD_PNG。

PNG をサポートする GD.pm をインストールする方法は?

サーコスをするのに必要です。

アップデート：

libpng をインストールして GD を再構築した後

アドバイスどおり、次のエラーが発生しました。

更新 2: 最後に、これを実行して問題を修正しました。

Circos プロットに関していくつか質問があります。

1. プロット内のさまざまな円が何を表しているかを示すために、プロット内に凡例を含めたいと思います。
2. プロット サブルーチンの名前を変更して、circos を実行するときに param プロパティを使用してファイルを渡し、完全にハードコア化しないようにしたいと考えています。以下は、プロット生成用の conf ファイルです。

そして、私が使用しているコードは次のとおりです。

会議:

この Circosチュートリアルでは、2 つの染色体間の間隔を構成することを示したので、トラックの凡例をその領域に配置できます。 _{(出典: circos.ca )}

上記の例のように、右円のようにテキストを描画する方法についての説明が見つかりません。

構成ファイルを使用してトラックの凡例を描画することは可能ですか?それともグラフィック エディターを使用して、出力画像に手動でテキストを追加する必要がありますか?

rライブラリ「circlize」を使用して、このWebサイトhttps://gjabel.wordpress.com/2014/03/28/circular-migration-flow-plots-in-r/のグラフを複製しようとしています。残念ながら、私には2つの問題があります：

まず、すべてのプロット領域 (つまりNote: 1 point is out of plotting region in sector 'Mexico', track '1') に対して警告が表示されました。非推奨の関数である と一緒に使用していたので、問題は と にあると思いましたcircos.text。しかし、代わりに を使用しても、問題は解決しません。だから、この警告の意味を理解していなかったと思います。私を助けるためのヒントはありますか？circos.axisdirectionfacingdirection

さらに、私のプロットでは、リンクはセグメントから非常に離れていました。したがって、問題を解決する track.margin を削減しようとしましたが、セグメントの名前がマージンの外側にあり、視覚化できません。この問題を解決するより良い方法はありますか?

これは私がこれまでに書いたものです (このサイトhttps://github.com/null2/globalmigrationからほぼ完全に取得しています)

ご助力ありがとうございます。

編集: 2 番目の問題を解決する必要があると思われるため、スクリプトの 2 番目の部分を追加します。