問題タブ [circos]

どのクラスが最も重複しているかを調べようとしています。データはMySQLに保存され、各学生は、受講するクラスごとにデータベースに完全に個別の行を持っています（私はそれを構成していないので、変更できません）。下の表の簡略版を貼り付けました。実際には約20の異なるコースがあります。

最終的には Circos (背景はこちら) を使用したいと考えていますが、重複が最も多い場所と最も少ない場所を理解し、人々に示すことができる方法があれば幸いです。これは私の頭の中ではありませんが、コースごとに 1 つの行と 1 つの列を持ち、異なるクラスが交差する場所にリストされたオーバーラップの数を含む出力テーブルを使用できると考えていました。各コースがそれ自体と交差する場所は、他のカテゴリと重複していない人の数を示すことができます。

Circosをインストールしたいです。Circos Web サイトの指示に従いました。特に、不足している perl モジュールをチェックしました。私はそれらのいくつかを見逃しています：

そこで、Circos Web サイトの Mac OS X への Perl モジュールのインストールに関する指示に再度従いました。具体的には、Paulo Nuin のブログ投稿 の詳細な手順に従いました。Freetype と Fontconfig が見つからなかったので、それらをインストールしました。

ここで、libgd-2.2.1 の構成を実行すると、次の構成の概要が表示されます。

それは私には十分に見えます。しかし、make を実行すると、エラーが発生します。

機能していなかったので、Stackoverflow でこの推奨事項に従い、実行しました

brew install gd

（実行してbrewを更新する必要がありました

Stackoverflow でこの回答に従ってください。)

しかし、私はエラーが発生します:

「brew link libpng freetype」を実行すると、別のエラーが発生します。

最終的にCircosを実行できるようにするための解決策はありますか?

よろしくお願いします。

cex パラメーターを使用してラベル サイズを大きくすると、生成される画像を自動的に大きくするにはどうすればよいですか?

添付のコードでは、ラベルが完全に表示されません。

私はgraphvizとcircoそれが提供するツールでグラフを生成しています。

生成されたグラフはきれいな形ですが、ノード間のエッジの長さが必要以上に長いため、ノードのテキストが (出力イメージに比べて) 小さくなり、非常に読みにくくなっています。

ノード内のテキストが読みやすくなるように、出力イメージでノードを (比較的) 大きくするにはどうすればよいですか?

出力画像:

ソース グラフ ファイル:

指示：

患者と細胞型の 4 つのグループ間で共通の特徴を持つデータ フレームがあります。私にはさまざまな機能がありますが、共有機能 (複数のグループに存在) はほんの一部です。

私は、各グループにどれだけの共有されていない機能があるかを把握しながら、患者のグループと細胞タイプ全体の共有機能間のいくつかの接続を反映するサーコス プロットを作成したいと考えています。

私の考えでは、それは 4 つのセクター (患者と細胞タイプの各グループに 1 つ) を持つプロットで、それらの間にいくつかの接続があるはずです。各セクター サイズは、グループ内のフィーチャの総数を反映する必要があり、この領域のほとんどは他のグループに接続されておらず、空である必要があります。

これは私がこれまでに持っているものですが、各機能専用のセクターは必要なく、患者と細胞タイプの各グループのみを対象としています。

MWE:

編集！！

@m-dz が彼の回答で示しているのは、実際に私が探している形式です。4 つの異なる患者と cell.type の組み合わせの 4 つのセクターであり、接続のみを示していますが、接続されていない機能は示されていませんが、説明する必要があります。セクターのサイズ。

ただし、上記の MWE よりも複雑なシナリオがあることに気付きました。

特徴は、2 つのグループで同一である場合だけでなく、類似している場合(配列同一性がしきい値を超える場合)にも、2 つの患者/細胞型グループに現れると見なされます。このように、私は冗長性を持っています...

患者 1-セル 1 の機能 A は、患者 2-セル 1 の機能 A に接続できますが、機能 B にも接続できます... 機能 A は、患者 1-セル 1 に対して 1 回だけカウント (一意のカウント) し、患者 2- の 2 つの異なる機能に拡張する必要があります。セル1。

私の実際のデータがより正確にどのように見えるかの例を以下に示します。この例を使用して、最終的な circos プロットを取得できるかどうかを確認してください! ありがとう！！