問題タブ [cox-regression]

Cox 回帰を行うためのCOXPHFIT関数が MATLAB にあることは知っていますが、その適用方法を理解するのに問題があります。

survdays1) サンプルの 2 つのグループを、日数 ( )、打ち切り ( cens)、およびいくつかの予測値 ( )の生存データと比較する方法はx? groups論理変数によって定義されたグループ。グループのサンプル数は異なります。

2) coxphfit のベースライン パラメータは何ですか? ドキュメントは読みましたが、ベースラインを適切に選択するにはどうすればよいですか?

医療生存データの詳細な例が掲載されているサイトを知っていると助かります。coxphfit について言及していないMathworksのデモだけを見つけました。

Cox 回帰の別のサードパーティ関数である可能性があることをご存知ですか?

UPDATE :r私が得た答えはR用であるため、タグが追加されました。

cox 回帰からの出力をテーブルにエクスポートして、それを記事に書き込めるようにしたくありません。それを行う最善の方法は、xtableを使用することだと思います：

ここで、出力に対して次のことを行います。

• 95 % の信頼区間 (CI) を追加
• 特定の行を選択し、年齢とログ (protime) を指定します
• exp(B) と CI を小数点以下 3 桁に丸めます
• z & レギュラー coef で列を削除します

前もって感謝します！

かなり遅い JavaStat とは別に、コックスの比例ハザード回帰を持つライブラリを知っている人はいますか...教えてください。

よろしく

相互作用を含むサバイバル コックス モデルを作成しましたcovariate * time(不均衡が検出されました)。モデルから生存予測を最も簡単に得るにはどうすればよいか、今疑問に思っています。

私のモデルが指定されました：

そして今、私は予測を行っている変数の組み合わせを使用survfitして提供する予測を得ることを望んでいました:new.data

event_time_modモデルの右側にあるように、 に渡される新しいデータ フレームでそれを指定する必要がありますsurvfit。これevent_timeは、予測の個々の時間に設定する必要があります。event_time_modの正確な時刻を 指定する簡単な方法はありますsurvfitか? または、モデルから予測を達成するための他のオプションはありますか?

もちろん、予測とevent_time_mod正しい値への設定に明確な時間があるので、新しいデータ フレームに同じ数の行を作成することもできますが、それは非常に面倒で、もっと良い方法があるに違いないと思いました。

オブジェクトに使用するsummary()とsurvfit、列を持つ素敵な data.frame が得られます

しかしsummary()、coxphオブジェクトでは別の結果が得られます。オブジェクトクラスによって関数の動作が異なることは理解していますがcoxph、同様の方法でsummary()動作するコマンドはありsurvfitますか? これまでのところ、ドキュメントで答えを見つけることができませんでした。

ありがとう！トム

一部のデータをボックスコックス変換する必要があるため、BiodiversityRパッケージを使用しようとしています。Rcommanderただし、サンプル ファイルを試しても、メニューで box cox 変換を選択した直後にこのエラーが発生し、シャットダウンしてしまいますRcommander。 Rstudioそれは何ですか？

どうすればよいですか？

生存データといくつかの共変量が欠落しているデータセットがあります。関数を使用して m 個のデータセットを代入するために mouse-package を正常に適用しmice()、オブジェクトを作成し、imputationList各 m 個のデータセットに Cox PH モデルを適用しました。その後、関数を使用して結果をプールしましたMIcombine()。これは私の質問につながります：

各共変量のプールされた推定値の p 値を取得するにはどうすればよいですか? MIcombineそれらはオブジェクト内のどこかに隠されていますか?

p値がすべてではないことは理解していますが、対応するp値なしで推定値と信頼区間を報告するのは奇妙に思えます。おおよその計算ができます。Altman が提供する式などを使用した信頼区間からの p 値ですが、これは非常に複雑に思えます。答えを探しましたが、この問題について言及している人さえ見つかりません。私は明らかな何かを見落としていますか？

例えば：

MIcombine オブジェクトの構造を並べ替えようとしましたが、まだ p 値を見つけることができません。

データの上位の Cox 比例ハザード モデルを選択するときに、実際にはそうではないにしても、プログラム R の jumps パッケージの regsubsets に似た関数を使用しようとしています。これは可能ですか？もしそうなら、関数はすでに存在しますか？

次のようなSweave ドキュメントでのP値を使用したいと思います。cox.zph

オブジェクトに割り当てる場合print(cox.zph(m1)):

3 番目のコンポーネントに p 値がありますtemp[3]が、命令は結果をドキュメントに出力します。結果を表示するのではなく、値を別の変数にprint(z)格納するだけです。P

非表示機能を試してみましたが、うまくいきません。

私は、現在のプログラムのどれも管理できない問題を最終的に解決できるようにすることを目的として、Cox 比例ハザード モデルを実行する小さなプログラムを作成しようとしています。の基本的な機能を再現しようとしましたが、最初のハードルで立ち往生しましたstcox。を使用stcoxして適切に機能していることを確認すると、 を使用して最大値が同じ場所にあるため、可能性が正しいことを示すことができますml plot。しかし、この時点から、それは崩壊します。変数drugは値 1 または 0 を取り、これは Cox モデルであるため適合する定数がないため、これは方程式で指定されます。ただし、Xbを観察することによって対数尤度が計算されるたびに、対照群と治療群の両方の値が変化していることがわかります。実際、それらの差は固定されており、定数だけが変化しています。

編集: 最尤のコーディングを修正しましたが、まだ収束に問題があります。