問題タブ [cox-regression]

I am having difficulty making predictions using coxph.

I wish to learn a Cox PH model on in-sample data and then use the parameters derived on out of sample data as follows:

predictor.IS is of dimensionality Y_1 x D, predictor.OS is of dimensionality Y_2 x D

However, this does not work as the number of elements in predictions.OS is Y_1 NOT Y_2.

What am I doing wrong?

1 つの時間依存共変量 X1 を含む拡張 Cox モデルを R でセットアップしました (X2-X7 は時間に依存しません)。
coxph(Surv(start, stop, status) ~ X1 + X2 + ... + X7, data = data).

この時間依存の変数をモデルに含めるために、元の約 1500 の観測を約 2500 行に拡張する「(開始、停止) スタイル」でデータセットを作成しました。

最大 1300 の観測に対して、コードは適切に実行されます (ただし、1000 を超える観測を含めるとかなり時間がかかります)。さらに観測を含めると、ソフトウェア R が応答しなくなります (プログラムが結果を返すまで約 5 時間待っていましたが、フリーズしたままでした)。これは、R coxph ヘルプ Web サイトの「関係」の下のステートメント ( http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/survival/html/coxph.html ) と一致しています。ただし、サンプル サイズ (つまり、データ セット) を減らすことができないため、このコードをより速く実行する方法について他の提案を探しています。

ありがとう、エリー

Cox 回帰をモデル化していますが、独立変数のいくつかは順序データであり、参照グループに問題があります。

デフォルトでは、coxph パッケージは変数の最初のグループを参照グループとして受け取ります。つまり、利用可能な女性/男性では、女性グループが参照グループです。ただし、3 つのレベル (1、2、3) を持つ順序変数があります。この序数変数に参照グループは必要ありませんが、R に総変数の総推定値を与えてもらいたいです。

R にインポートされたデータセットがあります。データセットに対して survfit を正常に実行しました。患者が生き残った期間を示す列が 1 つと、患者が生存したかどうか (0/1) の結果を示す列が 1 つあります。私はcoxph()データを処理しようとしていることを知っており、以下を使用しています。

ただし、次のエラーが発生し続けます。変数を使用as.numericしてみましたが、それでも問題は解決しません。mydata$また、上記のコード行の各変数から削除しようとしました。ありがとうございました。

私は、クラス mids の乗算帰属データセットを持っています。with() 関数を使用して、coxph() 関数でm 個の異なるデータセットを推定します。ただし、自分の関数内で with() 関数を使用するのに問題があります。

以下のコードは、エラーを再現する簡単な例です: Surv(enter,exit,event) object 'enter' not found のエラー

関数を単独で実行すると、次のようになります。

それは正常に動作します。

問題は with() が呼び出される環境に関連していると思います。ここで別の投稿を見つけましたが、うまくいかないようです。データセットと数式をグローバル環境に割り当ててみました:

しかし、これは同じエラーを引き起こしました。

編集

以下に説明するように、問題を修正しようとしました。with() ステートメントを使用せずに関数を実行すると、完全に機能します。

cp <- makeModel("Surv(開始、停止、イベント)"、"X1"、完了(データ))

# これでうまくいく

ただし、式に with() ステートメントを含めると、同じエラーが発生します。

cp <- with.coxph("Surv(開始、停止、イベント)"、"X1"、データ)

# Surv(enter,exit,event) のエラー: オブジェクト 'enter' が見つかりません

PHREGSAS でCox 比例ハザード モデル ( ) を使用しています。私は(t1,t2)*event仕様を使用して、個人がリスクセットに入った年齢と、ここで説明されているように去った年齢を示しました。

一次予測因子の比例ハザード仮定を正しくテスト/評価する方法を見つけようとしています。私の最初の推測では、対象の予測因子と の間の相互作用を含めることですが、私自身の直感をlog(t2-t1)超えた確認が必要です。ご協力いただきありがとうございます。