問題タブ [dendrogram]

データからクラスター プロットを作成しています。プロット全体が完成しましたが、ラベル テキストが大きすぎて、プロットを適切に読み取ることができません。ラベルを小さくする方法を考えている人。

パッケージ「sparcl」を使用しています。私の機能は次のとおりです。

ご覧のとおり、ブランチのテキストが大きすぎて、互いに重なり合っています。葉のテキストを 25% 小さくしたい。私はすでにSparclパッケージのドキュメントを見ましたが、うまくいかないようです。

MikeBostockの階層エッジバンドル図の修正バージョンを作成しています。

http://mbostock.github.com/d3/talk/20111116/bundle.html

しかし、次のように、特定のデータグループにまたがるアークを作成したいと思います。

現在、円弧の長さをハードコーディングしていますが、動的にコーディングしたいと思います。どうすればこれを達成できますか？これが私の現在のコードです：

Rに樹状図があり、各葉に値があります。子の値を合計して、各ノードの値を定義するのが好きです。私はdendrapplyに精通していますが、関数内のノードの子にアクセスする方法と、関数を再帰的に記述する方法がわかりません。

開始するコードは次のとおりです。

大きなデータを使って樹状図を作ろうとしています

私は統計、phyclustライブラリ、

hclust正常に動作し、プロットでき、適切にプロットされます。関数を使用した後as.dendrogram、エラーは発生しません。しかし、私がどちらかをするとき：

• それをプロットしてみてください
• 関数を適用するために使用dendrapplyします。

それは言う：

as.dendrogramが大きなデータセット（〜30000）を処理できないという問題はありますか？もしそうなら、それに代わるものはありますか？

正規化された値のデータセットに基づいてクラスターグラムを生成しましたが、y 軸に沿ってサンプルを並べ替えたいと考えています。グーグルで調べた後、それを行う方法についての情報はあまり見つかりませんでした。以下はこれまでの私のコードです。

また、特定の軸のみのラベルのフォント サイズを設定する方法を知っている人はいますか?

hclust関数の出力から樹状図を描画しようとしています。樹状図がデフォルトではなく水平に配置されていることを願っています。これは（たとえば）によって取得できます。

as.dendrogram()のような関数を使用しようとしましplot(as.dendrogram(hc.poi),horiz=TRUE)たが、結果には意味のあるラベルがありません。

plot(hc.poi,labels=c(...))を含まないwhichを使用するとas.dendrogram()、引数を渡すことができlabels=ますが、樹状図は水平ではなく垂直になります。樹状図を水平に配置し、ユーザー指定のラベルを割り当てる方法はありますか？ありがとう！

更新：USArrestsデータセットの例として、州名の最初の2文字の略語をラベルとして使用して、何らかの方法labsでプロット関数に渡したいとします。

labs = substr(rownames(USArrests),1,2)

これは

私はで作業しMATLABており、隣接行列があります。

完全に接続されていません。ノード{1,2,5}は接続されており、{3,4,6}接続されています（エッジが方向付けられています）。

単一のプロットの樹状図に別々のクラスターを表示したいと思います。あるクラスターから次のクラスターへのパスがないため、クラスターごとに別々のルートを持つ別々のツリーを表示したいと思います。私はコマンドを使用しています：

これらのコマンドは、階層的クラスタリングからアドバイスされています。そして、結果が添付されます：imageDendrogram。ラベルが意味をなさないことを除けば、ツリー全体が接続されており、データの切断された性質を反映するいくつかの切断されたツリーを作成する方法を理解しています。多くの互いに素なクラスターを持つ可能性のあるより大きなデータセットで作業したいので、複数のプロットを避けたいと思います。

D3.js クラスターの高さを動的に設定して、可能な限り最小の高さになるようにする方法はありますか?

Scipy からデンドログラム プロットの葉のラベルに色を割り当てることは可能ですか? ドキュメントからはわかりません。これが私がこれまでに試したことです：

ありがとう。

と同じ形式を使用して、リストモードの R オブジェクトを出力できると便利だと思いますstr.dendrogram。私はそのような機能を独自に作成しましたが、労力を複製しても意味がありません。それで、すでにこれを行っているパッケージを知っている人はいますか? または、実際にクラスター化することなく、任意のネストされたリストから偽の樹形図または hclust オブジェクトを簡単に作成する方法はありますか?

ありがとう。