問題タブ [dendrogram]

私は scipy を初めて使用しますが、予想される樹状図を取得することができました。さらに質問があります。

1. デンドログラムでは、いくつかのポイント間の距離0は表示されますが、画像の境界により表示されません。どうすれば境界線を削除し、y 軸の下限を に設定して-1、はっきりと見えるようにできますか。たとえば、これらのポイント間の距離は0(13,17)、(2,10)、(4,8,19) です。
2. 特定の距離で剪定/切り捨てを行うにはどうすればよいですか。たとえば、次の場所で剪定します0.4
3. これらのクラスターを (プルーニング後に) ファイルに書き込む方法

私のpythonコード：

デンドログラム:

ありがとうございました。

与えられた一連の時系列データに対して階層的クラスタリングを実行するこの種のプロットに出くわしました。誰かがそのようなプロットを描く方法を教えてもらえますか?

私はRまたは Javascript での実装、特に を使用することにオープンですd3.js。

独自のクラスタリングルーチンを作成し、樹状図を作成したいと思います。これを行う最も簡単な方法は、scipy樹状図関数を使用することです。ただし、これには、scipyリンケージ関数が生成するのと同じ形式の入力が必要です。これの出力がどのようにフォーマットされているかの例を見つけることができません。誰かが私を啓発できるかどうか疑問に思いました。

教育的な例として、海洋生物学のコース用の簡単な系統樹を作りたいと思います。分類学的ランクのある種のリストがあります：

樹状図（クラスター分析）を取得し、最初の切断点としてドメイン、2番目の切断点としてKindom、3番目の切断点としてPhylumなどを使用したいと思います。欠落している値は無視する必要があります（切断点なし、代わりに直線）。グループは、ラベルの着色カテゴリとして使用する必要があります。

このデータフレームから距離行列を作成する方法が少しわかりません。Rには多くの系統樹パッケージがあり、newickデータ/DNA/その他の高度な情報が必要なようです。したがって、これを手伝っていただければ幸いです。

hclust-dendrogram を R からデータ テーブルにエクスポートして、後で別の (「自家製」) ソフトウェアにインポートしたいと考えています。str(unclass(fit))デンドログラムのテキスト概要を提供しますが、私が探しているのは実際には数値テーブルです。私は Bioconductor ctc パッケージを見てきましたが、それが生成している出力はやや不可解に見えます。この表に似たものを用意したいと思います: http://stn.spotfire.com/spotfire_client_help/heat/heat_importing_exporting_dendrograms.htm R の hclust オブジェクトからこれを取得する方法はありますか?

階層的クラスタリングにScipyを使用しています。私はfclusterを使用してしきい値でフラットクラスターを取得することができます。しかし、形成された樹状図を視覚化する必要があります。樹状図法を使用すると、5〜6kのユーザーベクトルで正常に機能します。しかし、私のデータサーは16kのユーザーベクトルで構成されています。16kユーザーに対して実行すると、樹状図関数は次のエラーをスローします。

より大きなデータサーの樹状図を視覚化するためのアイデアはありますか？

私はd3.js（および一般的なSVG）に非常に慣れていないので、簡単なことをしたいと思っています。つまり、角度の付いたコネクタを持つツリー/デンドログラムです。

ここから d3 の例を共食いしました: http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html そして、ここの protovis の例のようにしたいです:

• http://mbostock.github.com/protovis/ex/indent.html
• http://mbostock.github.com/protovis/ex/dendrogram.html

私はここから始めました: http://jsbin.com/ugacud/2/edit#javascript,htmlそして、間違っているのは次のスニペットだと思います:

ただし、明らかな代替品はありません。使用できますd3.svg.lineが、それを適切に統合する方法がわかりません。理想的にはエルボーコネクタが必要です....私が見た d3 の例の多くは、ツリーの代わりにオブジェクトのグラフを作成するために重力を使用しています。

D3 で標準のデンドログラム レイアウトを使用しています。

http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html

しかし、子ノードを「世代」の位置に固定したいので、たとえば、vis.visualization は vis.operator と同じ X 座標に表示され、同様に、operator.IOperator は operator のすぐ下に表示されます。ラベル。

Node-Link Tree はこの方法でそれを行うので、おそらくそこで答えが見つかるでしょう: http://mbostock.github.com/d3/ex/tree.html

そうです、これを行うレイアウトがあります... http://mbostock.github.com/d3/talk/20111018/tree.html

親愛なる R の天才たちへ

葉がラベル付けされていない樹状図でクラスターの枝に色を付けたいと思います。

Stackoverflow で次のスクリプトを見つけました。

次のように自分のデータに適応させようとしましたが、成功しませんでした。

n が問題の原因であると思われますが、n の代わりに何を入力すればよいかわかりません。論文の締め切りが迫っていますので、アドバイスをいただければ幸いです。ありがとう、-エリザベス

Dendrogramの例 ( source )のようなツリー ダイアグラムが与えられた場合、エッジにどのようにラベルを付けますか? エッジを描画する JavaScript コードは、次の行のようになります。