問題タブ [dendrogram]

Bioinformatics Toolbox（ver 3.7）のCLUSTERGRAMオブジェクトを使用しています。MATLABバージョンR2011a。

樹状図関数で実行できるように、クラスターグラムの行と列の順列ベクトルを取得したいと思います。

クラスタリングはクラスターグラムと樹状図で同じではないことがわかりました。これはおそらく、最適な葉の順序計算が原因です（無効にしたくない）。

たとえば、次のクラスタグラムの場合：

（'average'および'eucledian'はclustergramのデフォルトメソッドです）

ベクトル（添付の図のように）は次のようになります。

では、これらのベクトルをプログラムで取得するにはどうすればよいでしょうか。このオブジェクトに精通している人はいますか？

誰かが良い代替案を提案できますか？imagesc関数と樹状図関数を組み合わせて同様の図を作成できることは知っていますが、葉の順序は樹状図よりもクラスターグラムの方がはるかに優れています（最適です）。

すでにクラスター化して (葉) ツリーに保存したオブジェクトからデンドログラムを描画したいと考えています。Java の私の Cluster オブジェクトは、これらの図で表すことができます。各葉にはオブジェクトが含まれ、各ノードにはその子間の距離が含まれます。

今、樹状図を段階的に描きたいので、最初にオブジェクト1と2を描画し、次にオブジェクト3をそれらに追加する必要があります。それから5と6を一緒に…など、すべてがつながる最後まで。これを簡単に描画するためのすべてのツールが既にありますが、ツリーを正しく歩く効率的な方法を見つけることができません。

これは、これまでの例の結果である必要があります (編集: 間違いがあります。5 から 6 までの距離は、3 から 1&2 までの距離よりも小さく見えますが、私の例ではそうではありません!):

この再帰アルゴリズムに関するヒントはありますか?

大規模なデータセットの場合、すべてのラベルが表示される樹状図のx軸を調整したいと思います。例として、ここではアイリスデータを使用します。

プロット関数を使用すると、樹状図は次のようになります。

では、x軸を調整して、すべての種がはっきりと見えるようにする方法を説明します。

樹状図は非常に人気があることを私は知っています。ただし、観測値とクラスが非常に多い場合は、追跡するのが困難です。しかし、同じことを提示するためのより良い方法があるはずだと感じることもあります。アイデアは浮かびましたが、実装方法がわかりません。

次の樹状図を考えてみましょう。

散布図のようにプロットできます。2点間の距離が線でプロットされ、散在するクラスター（想定されるしきい値）が色付けされ、円のサイズがいくつかの変数の値によって決定されます。

dendrogramfromを使用して、次のようscipyに階層クラスタリングをプロットしてmatplotlibいます。

私の質問は次のとおりです。まず、ここで と が同一のクラスタリングmatを提供するのはなぜですか? 次に、ノードのペア間の距離を比較できるよう1-matに、ツリーの各ブランチに沿った距離にどのように注釈を付けることができますか?dendrogram

最後に、show_leaf_countsフラグが無視されているようですが、各クラスのオブジェクトの数が表示されるようにフラグをオンにする方法はありますか? ありがとう。

次の R コードを使用して、TraMineR シーケンスに基づくラベルを使用してデンドログラム (添付の図を参照) を生成します。

完全なコード (データセットを含む) は、ここにあります。

デンドログラムがグラフィカルに表示されるのと同じくらい有益ですが、同じ情報をテキストおよび/または表形式で取得すると便利です。"order" や "merge" など、オブジェクト clusterward (agnes によって作成された) のいずれかの側面を呼び出すと、 から取得した名前ではなく、番号を使用してラベル付けされたすべてのものを取得しcolnames(twitter_sequences)ます。また、デンドログラムでグラフィカルに表されたグループを出力する方法がわかりません。

要約すると、R と理想的にはトラミナー/クラスター ライブラリを使用して、ラベルが適切に表示されたテキスト/テーブル形式のクラスター出力を取得するにはどうすればよいですか?

これは非常に単純な質問だと思いますが、理解できません。

scipi hcluster を使用してクラスター化しようとしている軌跡の小さなセットがあります。

私はこの点で成功しています

ただし、樹状図によって割り当てられた色を元の軌跡にマッピングする方法がわかりません。デンドログラムには、次のキー ['ivl'、'dcoord'、'leaves'、'color_list'、'icoord'] があります。ドキュメントによると、「ivl」は図の下部に印刷されているラベルのセットです。フォントが小さいため、これらを読むことはできません。

私は次のことを試しました

ただし、ivl のラベルよりも color_list の色が 1 つ少ないため、これは失敗します。デンドログラムを見ると、緑が 2 つ、赤が 2 つ、マゼンタが 3 つなどをはっきりと見ることができます。

最後に私の質問です。このひどい構造は何ですか? また、樹状図によって各軌跡に割り当てられた色を実際に取得するにはどうすればよいですか?

これに似た樹状図上のサイトの変数を反映する樹状図の葉にシンボルを追加したいと思います。

これについてどうすればよいかについての提案をありがとう

解決策 Backlin の役立つ提案に従って、次の解決策を使用します