問題タブ [dendrogram]

この素晴らしい D3 レイアウトを使用してクラスター ツリーを視覚化しようとしています。ただし、JSON 形式のデータが必要ですhclust-object。R から階層的な JSON 構造に移動するにはどうすればよいですか?

私のグーグルは、有望に見えるリストを返すこのhclustToTree関数を見つけましたが、そこからどこに行くべきか本当にわかりません。アドバイスをいただければ幸いです。

のheatmap関数を使用してmade4、サンプル ファイルからこのヒートマップ デンドログラムを作成しました。

この図のように、ヒートマップの端にサンプルのラベルのパネルを追加するにはどうすればよいですか?

この場合のラベルは、ヒートマップの最初の列と一番上の行に隣接する四角形であり、各サンプルのラベルを示すために使用されるため、ラベルがヒートマップ/デンドログラムによって示されるクラスタリングに対応しているかどうかを確認できます。この特定のプロットでは、それらのラベルを樹状図クラスターの色に正確に対応させることを選択しましたが、この方法である必要はありません。ラベルの一般的な列と行をサンプルに追加する方法を探しています。デンドログラムの特定のしきい値を適用した結果のクラスタリングに対応しない場合があります。

heatmap関数とkhanデータは次のとおりmade4です。

http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.htmlを参照してください。

同じものを描画できる代替手段、heatplotつまり階層的クラスタリングに基づいた 2 つのデンドログラムを横に並べたヒートマップを喜んで使用します。heatplotはほんの一例です。

@HeatherTurner が提案したように試してみるとheatmap.2、この画像が表示されます (マトリックスの行/列ラベルをオフにしてクラスター化を減らす方法がわからない):

ヒートマップが壊れているようです。小さなデータセットでこれを再現するコードは次のとおりです。

これはこれを生成します：

これらの破損したヒートマップの原因は何ですか?

更新: 申し訳ありませんが、ヒートマップは破損していないと思いますtrace。ヒートマップを介してシアンの線が描画されるのは列だけです。設定trace=noneすると問題が解決します。

heatmapps hasのように見えますがRowSideCols、どちらが同じ引数でしょうか?

私はD3を初めて使用するので、これが非常に基本的な質問である場合は申し訳ありません. 階層的クラスタリング アルゴリズムの結果を示すデンドログラムを実装したいと考えています。このレイアウトは、私が見つけた例とは大きな点で異なります。ツリーの葉を除いて、ノードにはアイデンティティがなく、類似性に関連する特定の高さでサブツリーを結合するだけです。

例として、次を見てください。

http://r.789695.n4.nabble.com/file/n2293207/Dendrogram.jpeg

http://bl.ocks.org/mbostock/4063570と比較すると、このデンドログラムには「n-partite nature」(ノードのレベルごとに定義されたレイヤー) がありません。

したがって、問題は、サブツリーの任意の結合位置を持つデンドログラムをどのように定義するかです。

ありがとう

トーマス

編集：

予想していたほど難しくはなかったようで、新しいレイアウトの開発も必要ありませんでした。私の入力データには、結合の計算された高さを持つ追加のパラメーターが含まれていました。json ファイルの例は次のようになります。

次に、ノード オブジェクトを計算するときに、マップを使用して y 値を変換します。

ここで、cluster はクラスター レイアウト オブジェクトで、scale は樹形図の高さに適したスケールです。

以下に示すように、色付きの枝を持つ樹形図をRで作成したいと思います。

これまでのところ、次のコマンドを使用して標準のデンドログラムを作成しました。

目的の結果を得るには、このコードをどのように変更すればよいですか?

よろしくお願いします。

科学データから生成されたデータ マトリックスをクラスター化しようとしています。クラスタリングをどのように実行したいかはわかっていますが、R でこの偉業を達成する方法がわかりません。

データは次のようになります。

A1、A2、A3 は 1 回の処理の 3 つの複製であると考えてください。B と C も同様です。Sample1 は異なるテスト変数です。したがって、列間のすべての違いを確認するために、このマトリックスを階層的にクラスター化したいと思います。具体的には、列の関連性を観察するためにデンドログラム (ツリー) を作成します。

このようなものを適切にクラスター化する方法を知っている人はいますか? 私はこれでこれをやってみました：

...しかし、これにより、各列ではなく、サンプル変数ごとに枝を持つツリーが作成されました。ご提案ありがとうございます。

次のイタリアの 6 つの都市間の距離のマトリックスを使用します。

R はそれらをクラスター化した順序で出力しますか?

デンドログラムから読み取るのではなく、数値出力を取得することが重要です。

私はHAC（階層的凝集クラスタリング）を使用しています。私は系統樹を持っていて、要素をファイルに保存して事後分析を行おうとしています（クラスターごとに要素にコードを割り当てます）。

デンドログラムの分岐を取り、要素の単一のリストを返す再帰関数があります。

私の問題は次のとおりです。関数がリストを返すとき、各要素が適切に追加されているにもかかわらず、ブランチの要素の1つだけが含まれています。これが私のコードです：

どこ：

• lista: 樹状図ブランチです
• elementos: 結果のリスト (提供されたブランチのすべての要素を含む)

関数を呼び出すと、結果は 1 つの要素 (最初の葉) を持つリストになります。

どんな提案でも大歓迎です。

よろしくお願いします、

ウラジミール。

私のサンプルには5つのグループコードがあります（サンプル名/種/などとして機能しますが、繰り返します）。

したがって、ヘルプが素晴らしいという2つの問題があります。

• (サンプル番号の代わりに) リーフ ラベルにグループ コードを表示するにはどうすればよいですか?

• 各コード グループに色を割り当て、それに応じてリーフ ラベルに色を付けたいと思います (それらが同じクレードに属さず、それによって詳細情報を見つけることができる場合があります)。

私のスクリプトでそうすることは可能ですか (ape または ggdendro):

read.table を置き換えるランダムなデータフレーム: