問題タブ [dendrogram]

この見つかったコード ブロックでデンドログラムを作成しようとすると、次の呼び出しまで機能します。

次にエラーを吐き出します：

RPy_RException: dist(t(mt)) のエラー: (リスト) オブジェクトを「double」型に強制することはできません

その時点までは見栄えが良かった...おそらく本当に単純なものが欠けている

何か助けはありますか？

これらの正確な階層を作成する方法についていくつかの例を見つけました（少なくとも私はそれらがそうであると信じています）。

[編集]これがPaulのコードの簡略化されたバージョンです。これは、現在のクラスターの形状ではなく、放射状のクラスターにこれを組み込むのを誰かが簡単に行えるようになるはずです。

しかし、木のような構造の代わりに、次の図のような放射状のクラスターが必要です。

これはscipy-cluster によって生成された Dendrogram does not showのフォローアップです。

whenは取得中のキーをdendrogram()持つ辞書を返します。に渡される前にラベルと葉の長さを変更するにはどうすればよいですか?ivl, leaves, color_list, icoordpyplotpyplot

次のようなことをします：

影響しないようです。

葉の長さは次のようになります。

私はしばらくの間JUNG2に取り組んでおり、一連のオブジェクトの非常に複雑な階層を視覚化しようとしています。残念ながら、この階層は、次の意味で実際にはツリーのようではありません。

1. 一部のノードには複数の親があります。さらに、これらの親は木の異なる枝にいる可能性があります。
2. 一部のノードには重複がある可能性があります（これは許可する必要があります。無視することはできません）

現在、私はSparseGraph;を使用しています。すべてのノードをグラフに配置し、有向とのサブ/スーパー関係を描画し、ノード間の無向エッジとして複製します。次に、MinimumSpanningTreeDemoソースコードに従って、MinimumSpanningTreeForest2オブジェクトを作成し、をに送信しForestますTreeLayout。簡単に言えば、レイアウトはわかりますが、幅は約15000ピクセルです。私はこれらのグラフをインタラクティブな方法ではなく静止画像として使用しているため、これをレポートで使用することは不可能です。

並んでいるノードが多すぎると、ノードラベルにかなりのスペースが必要になることに気づいたので、代わりにラベルを回転させて垂直にすることができると考えました。これは惨めに失敗しました。拡張するカスタムクラスを使用してラベルを回転させることができますがDefaultVertexLabelRenderer、rotationを設定するとMath.PI/2、ラベルが表示されなくなります。だからここに私の質問があります：

1. レイアウトを強制的にスリム化することは可能ですか？JUNG2を使えば可能だと言われている樹状図のようなものを作りたいと思います。これは本当に可能ですか？その場合どうやって？
2. ノードラベルを垂直にレンダリングできるはずだという私の考えに誤りはありますか？クラスのアンカーポイントを変えようとしましたVertexLabelAsShapeRendererが、それでも喜びはありませんでした。問題と言えば; RenderersRendererContextと実際にレンダリングされたオブジェクトの間の接続は本当にあいまいです。クラスはたくさんあり、実際にレンダリングに使用されているクラスを見つけるのに苦労しています。たとえばBasicVertexLabelRenderer、デフォルトではまったく使用されていないようです。したがって、ラベルの全体的な配置は神秘的です...

JUNGの開発者がライブラリに何時間ものハードワークを費やしていることは知っています。苦い、または不幸に聞こえるのは嫌ですが、このチュートリアルと、デモの作成方法やレンダリングの仕組みを理解することには、長いギャップがあると思います。

とにかく; グラフが作成されるコードの一部は次のとおりです。

Javaで記述されたクラスタリングコードがあり、そこからネストされたツリー構造を作成できます。たとえば、最初の反復で2つの「isRetired」オブジェクトがクラスター化され、このグループが「setIsRequired」でクラスター化されたツリーの小さな部分を次に示します。 "5回目の反復で。クラスター内のオブジェクト間の距離は括弧内に示されています。

より伝統的な樹状図のスタイルで結果を提示したいと思います。Rにはいくつかの優れた機能があるように見えますが、Rについてほとんど知らないため、それらをどのように利用するかがわかりません。

Javaからファイルにツリー構造を書き出してから、数行のRコードで樹状図を作成することはできますか？Rプログラムから、次のようなことをしたいと思います。

1. ファイルからデータ構造（「hclust」オブジェクト？）に読み込みます。
2. データ構造を樹状図に変換します（「樹状図として」を使用しますか？）
3. 「プロット」を使用して樹状図を表示する

質問は、Rがファイルから読み取り、その文字列入力を（hclust）オブジェクトに変換する簡単な方法を提供するかどうかに要約されると思います。もしそうなら、入力ファイルのデータはどのように見えるべきですか？

Java で生成しているいくつかの凝集クラスターのきれいな樹状図を表示したいと考えています。クラスターを Newick 形式のファイルに書き出します。そうすれば、ほぼ望みどおりのきれいな写真を得ることができます。

残念ながら、X 軸は私が望むものではありません。クラスタリングの反復は右から左に進行するため、軸を「反転」することをお勧めします。たとえばfirstName、setFirstName最初の反復でクラスタ化されます。誰かがそれを行う方法を知っていますか、または少なくとも X 軸のラベル付けをオフにしますか? (とにかく、デフォルトの軸は何を伝えようとしていますか?)

グラフのクラスタリングの問題を解決するアルゴリズムを実装しました。グラフを表現するためにPythonライブラリ「python-graph」を使用しました。ここで、計算の各ステップ (アルゴリズムは反復的です) で、樹形図の一部を描画する必要があります。実際、元のグラフから開始してクラスターを計算するという意味で、このアルゴリズムは分裂的です。さて、樹状図を描くために何を使うべきかわかりません（誰かがPILを提案しましたが、簡単なものを探していて、PILの使い方がわかりません）...何か提案して、その方法を教えてもらえますかそれをプロットしますか？

注:他の質問を読みましたが、すべてがクラスターの自動計算を使用する方法を使用しているようです...これは私が探しているものではありません:樹状図を手動で描画するか、少なくとも計算されたクラスターを表す方法を見つける必要があります描かれる。

ありがとう！

データクラスター分析を行う方法を探しています。これは私のリーグからは程遠いですが、私はそれができることを知っています. 私が持っているデータをクラスター化し、視覚的に提示する方法を探しています。頭に浮かぶのは樹形図ですが、他の提案も受け付けています。

この作業に役立つ、既に作成されているスクリプトまたはクラスはありますか? 私はLAMP内にとどまることを好みます。

ありがとう。

私の人生では、なぜこの方法が失敗するのか理解できません。ここに追加の目があります。

私が得るエラーは次のとおりです：行の樹状図の順序が間違った長さのインデックスを与えました

distfunを含めないと、すべてが非常にうまく機能し、hclust関数に応答します。どんなアドバイスでも大いに感謝されるでしょう。

私はいくつかのマイクロアレイデータについてRでヒートマップを生成しようとしてきましたが、ほとんどの場合、オンラインの指示に基づいてヒートマップを作成することに成功しましたが、それは私が望むものとまったく同じではありません. 私が望むのは、ユークリッド距離ではなくピアソン距離に基づいてデータをクラスター化することですが、いくつかの問題に遭遇しました。

heatmap2 (gplots パッケージから) を使用して、次のコードを使用して最初のヒート マップを作成します。

Test402 は 402 行 (遺伝子) と 31 列 (患者) の行列で、data.test.factors は各患者が属する結果グループの指標です。ここで hclustfun を使用すると問題なく動作し、ヒートマップはメソッドの変更と全体的な動作に反応しているようです。問題は、クラスタリング距離がすべてユークリッド距離であることです。それをピアソン距離に変更したいと思います。だから私は次のことを試みます：

上記のコマンドは失敗します。これは、Test402が正方行列である必要があるためです。そこで、いくつかの追加のアドバイスを見て、次のことを試しました。

それは機能しますが、ここに問題があります。ヒートマップは、TEST402 の元の式の値ではなく、相関のみを表示するようになりました。これは私が欲しいものではありません！私はこれが欲しいのですが、デンドログラムを別の方法でクラスター化するだけで、ヒートマップで実際に表されるデータを変更したくありません! これは可能ですか？