問題タブ [ggtree]

ツリーといくつかのノード情報がテーブルに格納されている場合、ヒントを削除して、それに応じてテーブルを変更したいと考えています。そのため、列ノードに正しい新しい番号を持つ新しいテーブルが必要です。

私の目的は、lapply または同様に mapply を使用して関数 geom_point2 に引数としてリストを渡すことです。同様の状況で、次のようにリスト (またはリスト) を geom_cladelabel に渡すことに成功しました。

問題は、 aes内部 geom_point2 の使用に関連しています。(geom_cladelabel にはありません):

geom_point2 の場合、ノード情報は の中aesにあり、私にはできませんでした。通常、エラー メッセージは表示されませんが、機能しません。

geom_point2目的は、この例を機能させることですが、 2 回書き込む代わりに mapply を使用します。

RパッケージAPEで生成され、ggtreeでプロットされた系統樹を使用して、枝を短くする方法を知っている人はいますか?

私の角度は、私は主に種内を比較しているということですが、部分的に木の根を張るために、最も密接に関連する2つの種を追加しました. ただし、近縁種からの進化距離は、もちろん、種内よりもはるかに大きく、これは、あまりにも多くのスペースを占める非常に長い枝があることを意味します + 種内の詳細を理解するのは困難です他の種を表示するために画像がズームアウトされるためです。

明らかな手動の解決策は、R の外部でイメージを変更することですが、私はプログラミングによる解決策を好みます。

私が見る限り、ggtreeには「ズーム」機能がありますが、これはクレードの幅にのみ関係しており、深さには関係していません。私が言及したような切り捨て (切り捨てられた領域を点線で示す) で ggtree からのプロットを見てきましたが、プロットの終了後にこれらの詳細が編集されたかどうかはわかりません。

これが私が取り組んでいるツリーです

ape からのデータを含むツリーを生成するコードを次に示します。切り捨ての問題は、ここでもほとんどのブランチに適用できます。