問題タブ [ggtree]

次のデータとプロットがあります。

データ：

プロット：

さらに、次のツリー オブジェクトがあります。

次のようにプロットされます。

私がやりたいことは、ツリーと最初のプロットを組み合わせて、最初のプロットの y 軸をツリーの順序の後に並べて、それらが一致するようにすることです。ここでいくつかのソリューションを使用しようとしましたが、 facet_plot 関数で同じプロットを作成できないようです。両方のプロットの y 軸の一致する値を特定し、それらを組み合わせる方法はありますか?

これは私がそれをどのように見せたいかです（おおよそ）：

私は系統樹の.treフォーマットと付随するデータセットを持っています。木の正確な形は問題ではなく、ランダムな系統樹です。データセットには、名前と色の 2 つの列があります。

そのようなツリーをプロットするとき、付随するデータセットからツリーに色付きのポイント (2 つの異なる色) を追加する可能性が非常に高くなります。問題は、次のコードを使用しているときです。

ポイントに色を付けますが、もちろん、色には付随するデータセットの順序があります。

しかし、ツリー内の種の名前に基づいて色をデータセット内の色と一致させたいと思います (それらは同じ形式ですが、順序が異なります)。私はまだそれを理解していませんでした。これで私を助けてもらえますか？

どうもありがとうございました。

コード例:

私が得るもの： 間違ってラベル付けされたツリー

私が取得したいもの: 正しくラベル付けされたツリー

このコード (以下) を実行して、いくつかのオルソファインダー データのゲイン/ロス ツリーを生成したいと考えています。私はgithubガイドに従っています https://github.com/guyleonard/orthomcl_tools

データをプロットするための最後の部分を除いて、これをすべてやり遂げました。

これを行う方法はたくさんあるggplot2と思いますが、サブセットパラメーターが存在しないようにこのコードを修正する方法を誰かが知っていれば、本当に役に立ちます。

これは私が得るエラーメッセージです：

警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告: 不明なパラメータを無視しています: サブセット 警告メッセージ: 名前の標準化後の美学の重複: サイズ

その美学のエラーが私に悲しみを与えるかどうかはまだわかりRませんが、もう使用していないことはわかってsubsetいるので、それは間違いなく問題です.