問題タブ [ggtree]

グループごとに色分けされたヒント ラベルを持つツリーがあるとします。

凡例aには、目的の正方形の代わりに含まれます。ggplot2ドキュメントには、「override.aes」を使用してこの動作をオーバーライドすることが記載されています。

これは動作しません。サイズや色を変更したり、削除したりできますaが、最も重要なのは、別の形状 (この場合は正方形) を使用できないことです。

新しいバージョンの ggplot2 にはkey_glyphオプションがありますが、これも を使用する場合は効果がありませんgeom_tiplab。

もう 1 つの奇妙な動作は、 を使用するgeom_tipppointと、凡例のオーバーライドが機能することです。注目すべきは、上記の戦略は以前は を削除するために機能していましたaが、最新の R/ggplot2/ggtree では上記の戦略は機能しません。ggtreeこれは、古いバージョンではなく、最新バージョンに関連しています。

geom_tiplab()凡例の形状をオーバーライドする方法に関するアドバイスはありますか?

私の環境：

ggtree を使用してプロットを作成しようとしていますが、先端点と枝の両方に色を付けようとすると問題が発生します。ツリーはこれらの両方で独立して動作しますが、一緒に試してみるとfill、ノードの for はブランチからの引数によってオーバーライドされ、color灰色になります (または、すべて一緒に無視して同じNA色にデフォルト設定されていますか?)。

問題を生成するために必要な最小限のコードは次のとおりです。

変数domains.presentはデータフレーム内の文字列であり、以下のコードcolorのようではなく、完全に機能します。fillただし、上記のコードでは、domains.presentが記述されていないas.factor場合aes、 というエラー メッセージが表示されますContinuous value supplied to discrete scale。

これが単なる構文の問題であることを願っていますが、必要に応じて reprex をまとめて追加できるように取り組んでいます。これはこの投稿と非常によく似た問題ですが、そこの OP は ggtree なしで解決しました (できればシンプルに保ちたいです)。前もって感謝します！