問題タブ [ete3]

Python で ete3 パッケージを使用して、確率モデルで生成したデータから系統樹を構築していますが、うまく機能します。以前にこれらのツリーを newick 形式で作成し、Dendropy パッケージで別のスクリプトを使用して、これらのツリーを読み取り、分析を行いました。これらのスクリプトは両方とも正常に動作します。

私は現在、この種のデータ処理を大量に実行しようとしており、ファイルの書き込みをスキップする単一のスクリプトを作成したいと考えています。どちらのメソッドも Tree と呼ばれるので、次のように dendropy メソッドをインポートすることでこれを回避しました。

そして、次のようなete3メソッド：

これは大丈夫だと思われます。

私が持っている質問は、あるパッケージから別のパッケージにオブジェクトを渡す方法です。最初に ete3 メソッドを使用してツリー オブジェクトを構築するループがあり、それを 't' と呼びます。私の計画では、ete3 で Tree.write メソッドを使用して、次のように「get」メソッドを使用し、実際の出力ファイル ビットをスキップして、ツリー オブジェクトを Dendropy に渡すことでした。

しかし、これはエラーを与えます:

どんな考えでも大歓迎です。

ETE3 pythonモジュールでガイドラインに異なる色を追加するにはどうすればよいですか( TreeStyleクラスのguide_lines_colorを使用してリーフノードをテキストに接続します)。

ありがとう

リストで .get_topology を使用して系統樹を作成しましたが、ノードに学名とランクを追加できません。具体的には ：

私は使用してみました：

しかし、空の辞書を返します。ノードには、対応する属性の下にランク、sci 名、および税 ID が必要です。私は何を間違っていますか？

ありがとう、アーラッシュ

二分探索ツリー構造を開発しました。ツリーを視覚化できる関数を追加したいと思います。以下のコードは二分探索木に属します:

コードをテストして、ツリーを再帰的にトラバースする方法を確認できます。

視覚化のために、eteライブラリを使用しました。ライブラリで以下ete3のコードを使用する場合:

次のような出力が得られます。

上記のコードでわかるようtree_formatに、BST 構造から変数を作成できれば、ツリーを視覚的に表現できます。
これを行うには、プログラムは
1. RLV 形式でツリーをトラバースする必要があります。
2. トラバース中は()、 、 ,およびを使用する必要があり;ます。
誰でもコードを完成させるのを手伝ってくれますか?
BST を視覚化するための簡単な方法があれば、ぜひご覧ください。
君たちありがとう。

私はしばらくの間、非常に強力なサーバーで ete2 モジュールを使用してきました。非常にゆっくりと (1 分間に 1 つの関数) 進み始めるまではすべて問題ありませんでしたが、今では割り当てget_taxid_translator()を通過することさえできません。ncbi = NCBITaxa()anaconda2 をアンインストールして再インストールし、ete3 に更新しようとしました。「開発サーバー」ではncbi = NCBITaxa()すべて正常に動作しますが、通常のサーバーではどのソフトウェアでも一線を越えられません。次のスクリプトでも終了しません

これは他の誰かに起こりましたか？依存関係をダウングレードする必要がありますか? 権限の問題でしょうか？基本的なスクリプトを実行すると、ctrl+c も ctrl+z もスクリプトをエスケープせず、スクリプトを強制終了するために使用する必要がkill -9 <job-id>あります。待機時間が長すぎると、プロセスが中断できないスリープ状態になります。

前もってありがとう、アレクシス。

Python 2.7.12 :: Anaconda カスタム (64 ビット) gcc (GCC) 5.4.0