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私が取り組んでいる生物の 14 の線形染色体を示すプロットを、各染色体に沿って指定された位置にある色付きのバーで拡大縮小して作成したいと思います。理想的には、これは私が経験した唯一のプログラミング言語であるため、R を使用したいと考えています。

GenomeGraphs などを使用してこれを行うさまざまな方法を調査しましたが、これはすべて、必要なものよりも複雑であることがわかりました/私が持っているものよりも多くのデータを表示し (細胞原性バンドの表示など)、多くの場合、ヒト染色体に固有です。

基本的に必要なのは、次のサイズの 14 個の灰色のバーだけです。

そして、染色体の長さに沿って散在する約 150 の位置を表す色付きのマークを付けます。たとえば、これらの遺伝子座のマーク:

理想的には、遺伝子座に応じていくつかの異なる色を指定できるようにしたいと考えています。

たとえば、「A」は青でマークされ、「B」は緑でマークされていました。

私が作成したいものと非常によく似たプロットがこの画像に貼り付けられています (Bopp et al. PlOS Genetics 2013;9(2):e1003293 から):

誰でもこれを行う方法を推奨できますか? 必ずしもバイオインフォマティクス パッケージである必要はありません。別の方法で R を使用して、特定の比例サイズの 14 本のバーを生成し、バーに沿って指定された位置にマーキングを付けることができます。たとえば、ggplot2 から単純な棒グラフを変更することを考えていましたが、特定の場所で棒に沿ってマーキングを配置する方法がわかりません。

私はRにかなり慣れていないので、75個のヒントと73個の内部ノードを持つ系統樹を（初めて）プロットしようとしています。4567 SNP の遺伝子型データがあります。

データをプロットしようとすると、次のエラー メッセージが表示されます。

ここで何が間違っていますか？この量のメモリはおそらく必要ありません

遺伝的系図では、X 染色体データは特定の祖先に関連付けるのに役立ちます。これはX-DNA Inheritance Chartでよく説明されています。

私のNeo4jデータベースには、各人物のノードと、父と母のそれらを結ぶ関係があります。各ノードにはプロパティ sex (Person の性別 M または F) があります。女性は、両親のどちらかから 1 つずつ、合計 2 つの X 染色体を持っています。男性は、常に母親から X 染色体を 1 つ持っています。

reduce を使用して、祖先からの継承に関与する性別を確認できます。

したがって、男性 (RN:1) から始めて、c の結果は、父親が MM、母親が MF、父方の祖父が MMM、母方の祖父が MFM というようになります。このパターンは、c に MM ( 2 つの M が連続して一緒に)、これらが開始者の X 染色体に寄与していないことを確認します。

MM パターンを持つノードを削除したいと考えています。外部コードでこれを行うのは簡単ですが、暗号クエリ内でそれを行う方法がわかりません。

私はこれに対するいくつかの答えを求めて高低を探しましたが、役立つものは何も見つかりません.

私は遺伝学プロジェクトに取り組んでおり、渡された遺伝学からパネット正方形を生成できるスクリプトを作成する必要があります。

私が扱うのは のようなものですがbbEe x bbEe、 のような長い文字列が存在する可能性がありますbbEeWwss x bbeeSS。

bbeeその後、次のような結果になる可能性がありますbbEe。bbEE

配列を使用して対立遺伝子を分割して結合するというアイデアはありましたが、リソースに関してはかなりコストがかかると思います。

私がやろうとしていることを達成する賢い方法はありますか?

情報をありがとう、アンディ

私はGO分析に非常に慣れていないため、遺伝子のリストをどのように行うかについて少し混乱しています.

遺伝子のリストがあります (n=10):

私は単にそれらの機能を見つけたいだけで、GO分析ツールを使用するように提案されました。それが正しい方法かどうかはわかりません。ここに私の解決策があります:

x <- org.Hs.egGO

それで、各遺伝子のいくつかの GO タームに割り当てられた EntrezID のリストを取得しました。例えば：

私の質問は、これらの遺伝子のそれぞれの機能をより簡単な方法で見つけるにはどうすればよいかということです。関数を関数/GO列としてgene_listに追加したいからです。

前もって感謝します、

R でマンハッタン プロットを作成しています。ここでの目的は、関連する特性に基づいて SNP を強調することです。

これが私のメイン データフレーム (gwas_plot) の末尾です。

gwas_plot の SNP のサブセットを含む別のデータセット (gwascat_topsnp) があり、説明が含まれています。次のようになります。

マンハッタン プロットのソース コード (元のソース コードはこちら: https://github.com/stephenturner/qqman/tree/master/R ) の特定のセクションで、特定の SNP を強調表示できるように変更しました。pch が「説明」カテゴリごとに一意になるように変更しました (上記のデータ フレーム内)。

これは私が追加したセクションです：

マンハッタン プロットをプロットするために使用するコードは次のとおりです。

ただし、ここに表示される出力では、「高さ」とラベル付けされた説明を持つ両方の SNP は同じ pch を持っている必要がありますが、そうではありません: それらの 1 つには円があり、1 つには三角形があり、他の特性 remians にはラベルが付いていません伝説。

誰かが私が間違っているところを手伝ってくれませんか? さらに情報が必要な場合は、喜んで提供します。

ありがとうございました！

私が取っているコース用に、DNA 鎖内の遺伝子を検索する Java プログラムを作成する必要があります。私が抱えている問題は、テスト メソッドから printAllgenes(a) を void printAllgenes メソッドに渡す必要があることです。テストメソッドでは、'int a' を 'String a' に設定しようとしましたが、どちらの場合もコンパイル時に void を int または String に変換できないことを説明するエラーが発生しました。当たり前のことだと思いますが、私はプログラミングに非常に慣れていないので、私の無知を許してください! ありがとうございました。

特定の場所 (足場) のセグメントの初期位置と最終位置を含むデータ セットがあります。これらのセグメントの一部は、同じ足場にある場合、他のセグメントと重複しています。

2 つのことが必要です。1 つ目は、すべての個々の足場で重複する領域をすべて見つけることです。2 つ目は、各「新しい」セグメントの最初と最後の位置のみを含む新しいテーブルを取得することです。出力は次のようになります。

前もって感謝します。