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{pegas} の haploNet 関数を使用してハプロタイプ ネットワークをプロットしようとしていますが、同じ円グラフに異なる集団からの等しいハプロタイプを配置するのに問題があります。次のスクリプトでハプロタイプ ネットを構築できます。

各分類群の元の集団のラベルを dnabin データに設定したいので、結果のネットワークで (異なる集団からのハプロタイプの) 異なる色の円グラフを作成できます。結果のハプロタイプ ネットワークで重複する円も削除したいと思います。

助けてくれてありがとう！

例：

このスクリプトは、{pegas} を使用してハプロタイプ ネットワークを構築するために使用されます。大きな円は、あるタイプのより多くのハプロタイプを表しています。ハプロタイプの起源を dnabin マトリックスに設定する方法を知りたいので、ネットワーク内で異なる色で表示されます。

これは、特定の地域から VCF ファイルを取得し、tabixvcftools の「keep」オプションを使用して特定の (ヨーロッパの) 人口をフィルタリングするコードです。

問題: recode.vcfファイルを作成しますが、temp2 ファイルが空であるため、リダイレクトが行われません。

Plink プログラムで分析するためにデータセットを準備したいのですが、MAP および PED ファイルを作成する方法がわかりません。

R で PED ファイルを作成できることは理解していますが、R で MAP ファイルを作成するにはどうすればよいですか?

誰かがこれで私を助けることができますか?

ありがとう

.sif (simple interaction)遺伝子発現値と遺伝子名のみを含む遺伝子マイクロアレイ発現 .tab ファイルからファイルを生成する方法は? Expander ソフトウェアと MeV を使用しており、 の入力ファイルを作成したいと考えていますCytoscape and Spike software。その目的のためのRパッケージまたは特定のプラグインまたはソフトウェアはありますか?

事前に計算された遺伝子間の相関に基づいて、手動で .sif ファイルを作成できます。

ただし、他のメトリックを使用して自動的に生成する方法はわかりません。

ありがとう

VCF (バリアント コール ファイル) を処理してプロットとレポートを作成する方法を学んでいます。これは、私には不明な理由でクラッシュする R コードです。それを修正する方法をアドバイスし、適切なチュートリアルを教えてください。

私は R プログラミングが初めてで、Reverse および Complementary Base 用のプログラムを作成しようとしています。目的は、DNA プライマーを設計することです。つまり、塩基 ATCG と A が T の補数である DNA 配列があります。T=A;C=G;G=C. 私はすでにそれを逆にする方法を考え出しましたが、補体については、たった1つの塩基に対してしか応答させることができませんが、配列のすべてにすることはできません.また、反転機能と補数機能を組み合わせる方法もわかりません. ここに私のコードがあり、私はそれと完全に混同しています。誰かがこの問題で私を助けることができますか? あなたは私の命の恩人になります！

次のようなデータファイルがあります。

「。」の場合。2 番目の列では、次のように、列 1 と 4 のマージされた出力に置き換えたいと思います。

if/then ステートメントを使用してこれを実行しようとしましたが、構文が間違っていることはわかっています。どの程度間違っているのかわかりません。

私は何が欠けていますか？

遺伝子 ID を含む newick 形式のファイルのコレクションがあります。

遺伝子 ID と種名の同等性のリストがあります。

次の出力を取得したいと思います。

どうすれば進められるか考えていますか？理想的にはbashで素晴らしいでしょう:)