問題タブ [gplots]

染色体情報のサイドバーと一緒にデータのヒートマップを作成しようとしているゲノムデータを含むファイルがあります。ヒートマップを作成するために、ファイルから数値を変換してデータ マトリックスを作成し、それをプロットすることができました。

ただし、上記のデータの染色体の位置を示すために、色付きのサイドバーを追加したいと思います。特に、「chrX」の場合は「黒」、他の染色体の場合は「黄色」の 2 色だけにしたいと思います。この情報を含む列はデータ マトリックスになく、この情報をヒートマップに含める方法がわかりません。どんな助けでも大歓迎です！

階層クラスタリングを実行してヒートマップにプロットする次のコードがあります。

これをプロットする：

私がやりたいことは、プロットの各階層からクラスター メンバーを取得することです。

それを行う方法はありますか？

次のような複数のヒート マップがあります。

さて、この種の複数のプロットをより似たものにするために、左上のヒストグラムが常に 0 と 1 の間になるようにするにはどうすればよいでしょうか?

yuk の回答に基づいて、このバージョンを作成しました。

カラー スケールは 0 から 1 ビットの間になりましたが、ヒストグラムはまだそうではありません。

331*9 倍精度行列 (expr001 という名前) があります。次のようになります。

そして、heatmap.2 を使用してヒートマップを生成しています。

以下のプロットを取得します。

列の幅を減らすにはどうすればよいですか? 助言がありますか？

私は次のデータを持っています

heatmap.2 関数で読み取ろうとしたもの:

私の理解では、data.frame を正しく読み取る必要があります。しかし、なぜ失敗したのでしょうか。

更新: この作品は奇妙だと思います。

の構造はCamy と同じdat2ですね。

パッケージを使用してヒートマップを作成しようとしていheatmap.2ます。私のデータには多くのNaN値が含まれています。私がやりたいことは次のとおりです。値があるたびにNaN、セルを明るい灰色（または他の中間色、おそらく白）で色付けし、他のすべての値（log2式）を標準の緑/黄/赤の配色スキームにするだけです. これが私が使用している私のコードです：

NaNこれは、値がない場合はうまく機能しますが、データに がある場合、次のNaNようなエラーが表示されます。

基本的に、データ内の を無視したいと思いNaNます。これを処理する方法がわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

R 3.0.2 を実行gplotsしており、Mac OSX 10.9、CentOS 6.4 および 5.4 にインストールしようとしています。しかし、すべてのプラットフォームで失敗します。主な理由は、 requireとgdatarequiresである必要があります。gtoolsgtoolsgdata

したがって、単独でインストールしようとするとgtools、gdata停止します

ただし、 CRAN パッケージ情報に基づくと、依存関係ツリーは次のようになります。

回避策はありますか、それともアップストリームに報告する必要がありますか?

編集：

gtoolsのソースコードを変更することで、それらをインストールできました。

untar ( tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz) してから、ファイル内の行を削除しますDESCRIPTION

次に、gtoolsローカルにインストールします

正常にインストールされ、循環的な依存関係が解決されるはずです。残りのすべてを完了することができます

このソリューションは、もともと Wush Wu によって提供されました。