問題タブ [gplots]

gplots パッケージを使用して R で次のコードを使用しています。

私の目標は、1 ページにプロット、2 ページにタイトル付きの表を含む 2 ページの pdf ファイルを作成することです。タイトル以外はすべて機能します。私がちょうど実行すると：

出力が期待されるものを適切に表示します。

ありがとう

2 つの異なるマトリックス (マトリックス 1 は色を定義し、マトリックス 2 はアルファを定義する) から与えられるこれら 2 つのパラメーターを使用して、色と透明度の両方を考慮してヒートマップを生成することは可能ですか?

私が何を求めているかについてのもう少しの情報：

R と gplots パッケージの heatmap.2 関数を使用してヒートマップを生成することに成功しました。この場合は、miRNA 相互作用を視覚化します。ここで示したいのは、miRNA の典型的な 20 ～ 24 ヌクレオチドに沿った特定のヌクレオチドがターゲット ペアリングに関与している確率です。私のヒートマップ マトリックスは、miRNA (行) と位置 1 ～ 24 (列) で構成され、各セルのペアリング確率が数値で示されます。例としては、マトリックス値によって決定される色のアルファ パラメータを変更して、白 = ペアリングなし、濃い赤 = 高ペアリングのようにします。

heatmap.2 関数は、このような 1 つのプロットに対してはうまく機能しますが、ここでは、2 つの異なる種からの重複情報を取りたいと考えています。したがって、基本的に 2 つのマトリックスを考慮するには、ヒートマップが必要です。

1) 種の重複の度合いを示すマトリックス。たとえば、種 1 のみの赤紫青から種 1+2 から種 2 のみの範囲。

2) ペアリングの平均度を持つマトリックス。たとえば、マトリックス 1 の特定の位置で、弱から強への平均ペアリング (色に関係なく) に移行するアルファ パラメーターによって視覚化されます。

この投稿の原則を使用しようとしました。

Rで透明度のあるヒートマップを別のヒートマップに配置する

しかし、その提案を自分の質問に適用することはできませんでした。

前もって感謝します！

ubuntu 14.04.2 LTS を使用していました。私の R のバージョンは 3.0.2 でした。次のコマンドを使用してパッケージ「gplots」をインストールしたとき

警告メッセージが表示されました: パッケージ 'gplots' は利用できません (R バージョン 3.0.2 の場合) 何か提案はありますか? ありがとう。

このコードで与えられた以下のグラフを考えてみましょう:

結果のグラフは次のようになります。

私の目的は、次のような別の青い線をグラフに追加することです。

1. カーブと交差
2. X 軸に値を表示する
3. その上にタイトルを追加

それを視覚化するには、次のようになります。

geom_line を追加する方法は知っていますが、ボトムアップになります。曲線との「1 点の交点」が必要です。

各ボックスの数値の大きさと p 値の両方を表示するヒートマップを作成したいと思います。各セルの色で値 (v) を表し、各セルの境界線の太さで p 値を表す必要があります。

私が持っているもの：

最初のパスがあります。このコードは、値の意味に応じて境界線の太さを変更します。

今、私はフィギュアをきれいにしようとしています。すべてのセル間に規則的な間隔を追加するにはどうすればよいですか? 境界線が隣接するセルと重ならないように、バッファー ゾーンを作成する必要がありますか?

答え: aes の高さと幅の変数

これが私が最終的に得た図です：

境界線の凡例が必要ですが、表示できません。aesではないからだと思います。境界線の太さの凡例を取得する方法について何か考えはありますか?

私はRの初心者で、ggplot2を使用して作成したグラフにデータ値を調整する際に問題に直面しています。

プロットを生成するために使用しているコードは次のとおりです。

軸に関してより明確にするのに問題があり、どのデータから読み取ることができますか?

オブジェクト「d」から選択された文字に関係なく、ノード 6 と 7 に色を付けようとしています。

上記の ifelse() を試してみましたが、数値を取らないようです。助けていただければ幸いです。

私が望むのは、ノード 6 がたとえば白で、7 がたとえば緑で、残りのノードが赤であることです。

ありがとうございました！