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データのヒートマップに heatmap.2 を使用しています。私のデータは、70 から 100 までの数値 (サンプル間の類似性を表す) の行列で構成されており、グラデーション カラーのないクリアカット バリアを定義したいと考えています。

私は 3 つの異なる入力行列でそれを行いましたが、そのたびにブレークの 1 つが省略されています。理由がわかりません。ここに画像があります：

http://s29.postimg.org/j3561w3uv/Keys.png

6 つのクラスに対して 6 つの色を定義していますが、1 つが無視されます。最初の 3 つの切れ目は同じサイズのように見えます (同じであってはなりません)。また、ヒストグラムはキー チャートのカラー ブレークに従わず、x 軸のスケーリングは常に異なります。

どこで失敗しますか？

ありがとうございました！

これは、私のデータから取得したランダムな部分行列です。

このことから判断すると、データが特定の量のしきい値を超えて存在する場合、鍵はブレークを表しているだけのようです。新しい任意の休憩で試しました：

繰り返しますが、いくつかの休憩は無視されます。ご協力いただきありがとうございます！

基本的に、カラースケールが各列の値の範囲に基づいているヒートマップを生成できるかどうかを知りたいです。ソリューションは、必ずしもクラスタリングを実行したり、デンドログラムを生成したりする必要はありません。

さまざまな種類の変数を持つデータ フレームがあります。連続変数もあれば、ダミー変数または序数変数もあります。データを数値としてクラスタリング関数に渡す必要があること、およびここでのクラスタリングには daisy() 関数が最適なオプションであることを理解しています。

heatmap と heatmap.2 で作成したようなヒートマップを作成したいのですが、スケーリングによって視覚化に問題が発生します。この質問は、daisy() を heatmap.2 で動作させる方法を理解するのに役立ちましたが、列ごとのスケーリングは、ダミー変数に割り当てられた色が列ごとに異なることを意味します。たとえば、ダミー変数を含むすべての列の赤 = 1 と白 = 0 の代わりに、平均と標準偏差が異なるため、色合いが非常に大きくなります。または、スケーリングをオフにすると、データセット全体で色合いに変化はほとんどありません。色の範囲は、各列ではなく、データ フレーム全体の範囲に基づいているようです。

時間があれば、いくつかの例を追加してみます。

編集

わかりましたので、それは明らかに不明確でした。

私が遭遇したヒートマップの例では、データフレーム全体の最小値と最大値に基づいて色をスケーリングしています。したがって、次のようなデータフレームが与えられます。

青を最低のセルに、白を中間値を、赤を最高のセルに設定します。結果は次のようになります。

代わりに、スケールを各列の値に依存させ、結果を次のようにします。

グループ化されたデータの平均をプロットしていますが、凡例を正しく表示するのに苦労しています。テキストが非常に大きいため、4 つのグループすべてではなく、2 つのグループの名前しか確認できません。コマンドを使用してサイズを変更しようと長い時間を費やしましたcex-likeが、うまくいきません。で回転させてみましたlas=3が、うまくいきません。

データを共有することはできませんが、コードは次のとおりです。

できれば、テキストを小さくして、収まるようにしたいと思います。または、収まるように回転させたいと思います（おそらくマージンの変更とともに）。そうでない場合、他に何がありますか？

で凡例を抑制することができxaxt="n"ますが、別の方法でそれらを追加する必要があります。plotmeans()関数内で本当にできないのですか？

ggplot2 を使用して 2 つの個別の散布図を作成しましたが、それらを 1 つの単一のプロットに結合する必要があります。各プロットは、3 つの異なる処理 (背景) の下にあるトカゲの集団を対象としています。各プロットについて、次のものがあります。

私は試した

しかし、次のエラー メッセージが表示されます。

私も試しました

しかし、これは一方のプロットをもう一方の上に配置しますが、両方のプロットを組み合わせて、基本的には 1 つのプロットだけにする必要がありますが、各プロットには異なるトカゲの個体数を示すための異なる規則があるため、2 つの個別の凡例があります。

どんな助けでも大歓迎です。

****編集**** 2014 年 12 月 12 日

2 つのプロットを 1 つにまとめることができましたが、まだ別々の凡例の問題があります。質問を単純化するために、cdeterman の要求に従って、いくつかのサンプル データを使用して、より単純な形式のコードを追加しています。

次のコードを使用して、両方のデータ フレームを含むプロットを作成しました。

これにより、各データ フレームが異なるシンボル (p1 の円と p2 の三角形) で表されるグラフが生成されますが、円の上に三角形が重ねられた組み合わせの凡例は 1 つだけです)。データ フレームごとに 1 つずつ、2 つの個別の凡例を取得するにはどうすればよいですか?

ありがとうございました！

heatmap.2Rmarkdown を使用して pdf_document を使用してプロットを生成し、印刷しようとしています。

コンソールから呼び出しheatmap.2ても .Rmd から呼び出しても、プロットは完全に希望どおりに表示されます。さらに、次のエラー メッセージが表示されます。

を使用して Knitr に強制的に処理を続行させることはできerror=TRUEますが、エラー メッセージは引き続き出力されます。私もセットしました

メッセージを抑制すると思いましたが、そうではありません。この質問invisible()に従って使用してみましたが、何もしないようです。

また、プロット パラメータを調整してエラーを「修正」しようとしましたが、成功しませんでした。列の 1 つが細すぎるheatmap.2と文句を言うようです。lheiプロットは問題ないように見えるので、このエラー メッセージを抑制する方法が他にない限り、私は心配していません。

Rmarkdown pdf でこのエラー メッセージを非表示にするにはどうすればよいですか?

heatmap.2 を呼び出してヒートマップを生成する関数を wtire しようとしています。とりわけ、add.expr を呼び出してプロットのタイトルを生成したいと考えています。たとえば、次のようになります。

titlestring は、別の関数によって関数に渡される文字ベクトルです。

関数を実行しようとすると、次のエラーが発生します。

as.graphicsAnnot(text) のエラー:オブジェクト'titlestring' が見つかりませprint() んmtext()、だから私はタイトル文字列をas.expression(). しかし、私はまだこのエラーが発生します。

何が問題なのですか？

前もって感謝します

ドレフ・ラハット

4 つの信頼区間を比較したい。2 間隔で実行する例がありますが、4 を並べて動作させることはできません。

これは、2 つの間隔の作業スクリプトです。はVMP0$LOAD私のデータです。

0 から 100 までの自動化されたシーケンスを生成する方法を知りたいです。数字はそれぞれ 5 つの位置のみで、残りはすべて NA 値である必要があります。最後に、私はこのようなものを持ちたいと思います:

この例を次のように手動で実行しましたが、時間がかかります。

seq()これを行うためのオプションが関数に見つかりません。

この問題はheatmap.2()、gplotsパッケージの関数でヒート マップを実行していて、列ラベルが近すぎて読めないことが原因です。5 または 10 の位置ごとにラベルを設定することもできません。そのため、この重複を避けるために、NA 値を使用して独自のラベル シーケンスを生成する必要があります。

どんな提案も大歓迎です:)