問題タブ [jags]

私のモデルは次のエラーで失敗しました:

いくつかの診断を行ったところ、チェーン 3 の初期値に問題があることがわかりました。ただし、これは時々発生する可能性があります。run.jagsこのような場合、モデルを再試行して再実行するよう JAGS 自体に指示する方法はありますか? たとえば、モデルを適切に初期化するために、別の N 回の試行を行うように彼に指示します。それはただ失敗するのではなく、非常に論理的なことです。それとも、何らかの方法で手動で行う必要がありtryCatchますか?

run.jagsPS: 現在、R から JAGS を実行するために使用していることに注意してください。

えーと！反応する方法について議論している投稿がいくつかあります。

つまり、いくつかの警告に。たとえば、次を参照してください。

自作未醸造ファイル

Brew doctor - 「警告: 醸造されていないヘッダー ファイルが /usr/local/include に見つかりました」?

自作の新規インストールで醸造されていないファイルを処理するためのベスト プラクティス

...

私の場合 (そして Mac OSX で Homebrew を使い始めたばかりです)、要約すると次のようになります。

• 予期しない dylib (/usr/local/lib/ 内)
• 予期しないヘッダー ファイル (/usr/local/include/c++/4.9.0/、/usr/local/include/c++/5.0.0/、/usr/local/include/JAGS/、/usr/local/include/ 内) ntfs/、/usr/local/include/ntfs-3g/ など)
• 醸造されていない .la ファイル (/usr/local/lib/ 内)
• 醸造されていない .pc ファイル (/usr/local/lib/pkgconfig/ 内)。
  • /usr/local/lib/pkgconfig/fuse-ext2.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/jags.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/libntfs-3g.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/libublio.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc
• およびいくつかの静的ライブラリ (/usr/local/lib/ 内)

したがって、私の質問は、再び、どのように反応するかです。特に、Anaconda と Homebrew の「衝突」はどの程度気になるのでしょうか。また、JAGS への影響も気になります (Anaconda ほど広くは使用されていませんが...)。

すべての体系的な見解を歓迎します!

どうもありがとう、PM

rjags を使用してベイジアン回帰モデルを実行しようとしていますが、データには 4 つの関連条件があります。条件間で折りたたむとモデルは正常に実行されますが、このモデルを条件ごとに個別に実行するように指定する場所/方法がわかりませんが、それでもcoda.samplesベータ値を比較できる出力が得られます (4 Beta0 および 4 つの Beta1 値 (条件ごとに 1 つ)。これが私のモデルです：

サブジェクトとアイテムは固定効果オフセットを取得するために参照され、「rt」は連続従属変数です。条件は、値が 1:4 のベクトル「条件」でコード化されます。

どこかに別の for ループが必要だと思いますが、どこにあるのかわかりません。

単純な成長モデルを想像してください。一歩先の予測を取得するにはどうすればよいですか??

JAGS が逸脱度と逸脱情報基準(DIC)を計算する方法を理解しようとしています。

チェーンが 1 つしかない場合、Rのdic.samples関数 inはエラーをスローします。rjags

DIC を計算するための式には、モデル内のパラメーターの期待値での期待逸脱度と逸脱度の計算が含まれます。そのような推定値は単一のチェーンから取得できると思います (複数のチェーンでのみ識別できる収束の問題が時々あるかもしれませんが)。

マニュアルには次のように記載されています。

pD モニターは、複数のチェーン [1] にわたる逸脱度を比較することにより、観測された確率的ノードから有効なパラメーター数 (pD) [3] への寄与を推定します。オプションタイプ(pD)を使用して作成されます。モデルにチェーンが 1 つしかない場合、pD モニターを定義できません。

だから私の質問は：

• JAGS が DIC を計算するために少なくとも 2 つのチェーンを必要とするのはなぜですか?
• より具体的には、なぜ pD モニターは 2 つのチェーンを必要とするのですか?

私は現在、JAGS で 16 モデルのセットをフィッティングしています。結果変数の各値の確率の対数を計算するジャグの関数と、それらの対数確率の合計を -2 * 取る別の関数があります。つまり、各モデルの逸脱度を計算するためのカスタム式があります。私の逸脱度の定義が、JAGS が使用していたものと同じであることを確認したかったのです。

5000 回の書き込みと 5000 回の反復を実行した後、次の結果が得られました。

基本的に、一部のモデルでは逸脱度はほぼ同じでしたが、まったく同じではありませんでした。また、他のモデル (たとえば、7、13、16) では逸脱度が大きく異なっていました。

カスタム式を使用して計算された偏差が、DIC に基づく自動アプローチを使用して取得された偏差と異なるのはなぜですか?

RJAGS を使用して既存のモデルを変更しています。チェーンを並行して実行したいのですが、時々、Gelman-Rubin 収束診断をチェックして、実行を続ける必要があるかどうかを確認します。問題は、診断値に基づいて実行を再開する必要がある場合、再コンパイルされたチェーンは、チェーンが停止したパラメーター空間内の位置ではなく、最初に初期化された以前の値から再開されることです。モデルを再コンパイルしないと、RJAGS が文句を言います。チェーンが停止したときにチェーンの位置を保存して、中断したところから再初期化する方法はありますか? ここでは、非常に単純化した例を示します。

example1.bug:

parallel_test.R:

出力には、次のように表示されます。

5000回以上の反復があるはずです。(stats.stackexchange.com に相互投稿されていますが、これがより適切な場所である可能性があります)

inでWinBUGSできるように、パラメータ推定値を再現するためにシードを設定することは可能ですか?set.seedR