問題タブ [jags]

R2jags と CODA を使用して、MCMC チェーンの診断統計を作成していますが、問題があります。次のようにMCMCを実行したい：

エラーは次のとおりです。

RStudio 0.97.551 と R バージョン 3.0.0 (2013-04-03) を使用しています。

どんな助けにも感謝します！

これは私のRスクリプトです：

rjags を使用して 7 つの JAGS モデルをループで実行しようとしていますが、ループを実行するのに問題があります。

最初に 7 つのモデルを作成します (モデルの txt ファイルは既に作成されています)。JAGS コードは問題ないようで、問題は R ベクトルの経験不足だと思います。

この部分は正常に実行され、7 つのモデルが作成され、次にバーンイン手順が行われます。

この部分でエラーが発生します: オブジェクトのエラー[[名前、正確な = TRUE]] : 添字が範囲外です。ただし、次のように入力すると:

それはうまくいきます。更新機能がループの貼り付けを認識しないのはなぜですか? また、次の行は次のように述べています。

次のエラー メッセージが表示されます: Model$iter のエラー: $ 演算子はアトミック ベクトルでは無効です

ただし、ベクトルを次のように実行すると:

それはうまく機能します、とてもイライラします！

これのチュートリアル/例を見つけるのに苦労したので、質問したかったのです:i回測定される変数Xiがあります。追加の測定ごとに、Xの分布の予測がより厳密になることを示したかったのです。もちろん、モデルを 1:2 1:3 1:4 などで再実行し続けることもできますが、これは面倒です。私が気付いていなかった段階的なコーディングがいくつかあることを望んでいました。

その時点で利用可能なデータに基づいて、各時点で pred.x を推定するモデルを指定する方法を知っている人はいますか?

4 コアの Windows コンピューターでジャグ モデルを並行して実行したいのですが、モデルが実行されない理由がわかりません。私はこれらの投稿を含めて広範囲にウェブを検索しました：

http://andrewgelman.com/2011/07/23/parallel-jags-rngs/

http://users.soe.ucsc.edu/~draper/eBay-Google-2013-parallel-rjags-example.txt

簡単な例 (以下のコードを参照) を で実行すると%do%、モデルは正常に実行されます (もちろん、連続して実行されます)。を使用する%dopar%と、次のエラーが表示されます。 Error in { : task 1 failed - "Symbol table is empty"

詳細:

この問題は、管理者権限のない Windows 7 コンピューターで発生しますが、管理者権限のあるコンピューターでは発生しません。この問題は、Rgui と Rterm、およびパッケージ 3-11 の新しい rjags で発生します。エラーメッセージは関数内で発生しますjags.model

この問題は、一時ディレクトリへのファイルの書き込みと読み取りの不一致が原因のようです。R を起動すると、一時フォルダーが自動的に作成されます。R を閉じると、ファイルが含まれていない限り、このフォルダーは自動的に削除されます。

たとえば、R を起動すると、次のフォルダーが作成されます C:\Users\jesse whittington\AppData\Local\Temp\RtmpoBe1gw。

rjags モデルを実行すると

この一時ディレクトリにファイルは書き込まれません。

foreach と で 3 つのチェーンを連続して実行すると%do%、3 つの一時ファイルがこのフォルダーに書き込まれます。これらのファイルのサイズは 1 kb で、テキスト エディターで開くと空白で表示されます。

foreach と で 3 つのチェーンを並行して実行すると%dopar%、3 つの一時ファイルがフォルダーに書き込まれます..Temp\RtmpoBe1gw。outfile のエラー メッセージは、関数が DIFFERENT 一時ディレクトリ内の DIFFERENT ファイルを探していることを示しています。tempfile ディレクトリと名前を作成する行を含めると、3 つの新しい一時フォルダーが作成されていることがわかります (これらは後で削除されますstopCluster)。 jags.modelこれらの 3 つのフォルダーで一時ファイルを探しますが、何もないため失敗します。したがって、一時ファイルが 1 つの一時ディレクトリ (親 R セッションに関連付けられている) に書き込まれ、foreach 内で作成された 3 つの一時ディレクトリで異なる tmpfile を開こうとすると失敗すると思われます。

Out_messages.txt から

フォルダRtmpQbPAVCは作成されますが、ファイルfile112c394b4eefが存在しません。

JAGS で GARCH(1,1) モデルを構築しようとしています。簡単にするために、平均方程式が AR(1) プロセスに従うと仮定します。AR(1) および GARCH(1,1) プロセスに参加できるようにする 1 つの JAGS モデルを構築しようとしています。

今のところ、2 つの別個の JAGS モデルを構築することによってのみ結果を得ることができます (プレゼンテーションを明確にするために簡略化しています)。最初の JAGS モデルは、AR(1) プロセスのパラメーターを推定します。

パラメータの推定値を取得して、AR(1) プロセスのデータを生成し、残差と分散を取得します (何らかのウィンドウを想定)。

次のブロックは、JAGS の GARCH(1,1) 散文です。

依存している 2 つのプロセスを結合するにはどうすればよいですか?

Rでさらに分析を実行するために、JAGSからサンプリングされた出力値を.csv形式にエクスポートしようとしていますが、いくつかの問題が発生しました。

全て、

rjagsを使用してベイジアンモデリングを行っています。ただし、観測数が1000を超える場合。グラフサイズが大きすぎます。

より具体的には、ベイジアンのランキング問題をやっています。伝統的に、1 つの観測は 1 つの X[i, 1:N]-Y[i] ペアを意味します。ここで、X[i, 1:N] は、i 番目のアイテムが N サイズの予測子ベクトルによって表されることを意味し、Y[i ] は応答です。目的は、予測値の点ごとの誤差 (最小二乗誤差など) を最小化することです。

ランク付けの問題は異なります。順序を重視するため、Y[i] と Y[j] の間の順序を表すためにペアワイズ 1-0 インジケーターを使用します。たとえば、Y[i]>Y[j] の場合、I(i 、j)=1; それ以外の場合は、I(i,j)=0 です。この 1-0 インジケーターを観測値として扱います。したがって、K 個の項目 Y[1:K] があると仮定すると、指標の数は 0.5*K*(K-1) になります。したがって、K が 500 から 5000 に増加すると、観測数は非常に多くなり、つまり 500^2 から 5000^2 になります。rjags モデルのガーフ サイズも大きく、たとえばグラフ サイズ > 500,000 です。そして、対数事後分布は非常に小さくなります。

そして、トレーニングを完了するには長い時間がかかります。消費時間は40時間以上だと思います。私がさらに実験を行うことは現実的ではありません。したがって、rjags を高速化する考えはありますか。RStan は Rjags よりも速いと聞きました。似たような経験をした人はいますか？