問題タブ [jags]

動物が取り除かれ、検出が時間と空間で変化する複数の観測期間にわたって n.sites から動物を検出する確率を推定しようとしています。5 つの観察期間で次のようなことをするとうまくいきます。

時間 2 の確率は時間 1 の確率に依存し、時間 3 の確率は時間 1 と 2 の確率に依存します。これを 5 期間だけ行う場合、書くのは大したことではありません。このアウト。しかし、10、15、20 以上の期間を取得すると、書き出すのはかなり面倒です。各ステップを入力せずにこのループを記述する方法があるはずだと思いますが、その方法が思いつきません。おそらく、追加の索引付けまたは他の制御ステートメントまたは累乗関数です。p[i] が各 j 番目の観測で同じである場合 (つまり、p[i,1] = p[i,2] = p[i,3] など)、次のようになります。

どんな提案でも大歓迎です。

これはバグ言語コードです。私は R で作業しており、コードを rjags パッケージ経由で JAGS に送信しました。BUGS、R、または疑似コードが私の目的に適しています。

問題をシミュレートする R コードを次に示します。

助けてくれてありがとう。ダン

jags.model() オブジェクトを RData または txt ファイルに保存する方法はありますか?

より優れたコンピューターで MCMC を実行するには、モデルを 1 台に保存し、それを新しいワークスペースで使用する必要があります。しかし、Rで「save()」と「load()」関数を使用するのは少し難しいです。アドバイスをありがとう。

追加した：

私は試した：

jags <- jags.model('regression.bug', data = my.data, n.chains = 4, n.adapt = 1000)

次に、「ジャグ」を保存したいと思います

保存 (jags , file="jags.RData")

保存されているようです。しかし、私がしようとすると：

ld.jags <- load( "jags.RData" )

ld.jags

[1]「ギザギザ」

そして、「ld.jags」を使用して分析を実行する方法がわかりません。

jags で一時変数を作成したいのですが、R で動作するように動作しません。

index変数が一度しか定義されていないため、エラーが発生します。だから私はそれを次の醜い方法で書かなければなりませんでした：

ジャグで一時変数を作成する方法はありますか?

パッケージを使用してJAGSを実行し、runjagsカスタマイズされたプロットを作成しようとしています-チェーンの色を変更します（完全なモデルコードは質問にあります https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509）：

しかし、プロット パラメーターを変更することは不可能のようです。?runjagsclass では、 次のように記述します。

plot メソッドは、トレースと密度のプロットを作成します (これらは事前にプロットされて runjags オブジェクト内に保存されるため、ラティスまたはプロット関数の通常のオプションは使用できないことに注意してください)。

これは、プロットがrun.jags呼び出しで既に作成されているようです! しかし、それではプロットオプションも変更できないようです。

質問:

1. チェーンの色など、プロット パラメータを変更するにはどうすればよいですか?

2. なぜ彼らはrun.jagsすでにプロットを作成するのですか? 通常、適切に設計されたアプリケーションは、ロジック (モデル計算) と出力を分離します。それには特別な理由がありますか？

R2jags にはバグがあるため、新しいパッケージrunjagsを使用して JAGS を実行しようとしています(完全なモデル コードは質問https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509にあります)。

それは魅力として機能しますが、このパッケージの欠点はrunjags、関数によって返されるオブジェクトがrun.jags、準備されたチャートと出力に既にバンドルされており、大きすぎることです。比較のために、対応する .Rdata ファイルのサイズ (2 つのチェーン、それぞれ 500 回の保存された反復、合計 1000 回の反復):

• runjagsオブジェクト - 1.2 MB
• R2jagsオブジェクト - 212 kB
• mcmc.listオブジェクト - 33 kB

オブジェクトは巨大ですが、後でモデルのインターフェイスrunjagsを使用できるように保存する必要があります。runjags

この問題の回避策はありますか?

私は最近、JAGS の使用を開始し、R 内でそれを呼び出しました。最終的に、コードを使用して R にリンクされたジャグを取得しました。

そして出力を得ました

JAGSモデルのデータも別ファイルにBUG形式で保存しました(教えてもらった通り)。

ただし、データを実行しようとすると、エラーメッセージが表示され続けます。

と

私が見逃している重要なステップはありますか？

編集:問題の例のコード

JAGS モデル:

JAGS (または WinBUGS) を使用してベイジアン線形混合モデルを当てはめたとします。出力オブジェクトにはモデルの残差が含まれますか? どうすれば残差を見つけることができますか?

ありがとう！