問題タブ [jags]

rstan を介して Stan を学習しようとしています (R に精通しているため)。シンプルな混合パレート モデルとノーマル モデルを実行してみました。（私が知る限り）正常にコンパイルされますが、サンプリングに失敗し、エラーが発生します：

"(-2, 2) 間の初期化は、100 回試行した後に失敗しました。初期値を指定するか、制約された値の範囲を縮小するか、モデルを再パラメータ化してください。

サンプラーの呼び出し中にエラーが発生しました。サンプリングは行われていません」

パラメーター化するさまざまな方法を試し、初期値を設定しようとしましたが、すべて役に立ちませんでした。

私のR + rstanコードは以下の通りです：

この例は JAGS で問題なく動作し (そのため、JAGS にもタグを付けました)、そのコードを投稿できます。

ちなみに、パレート分布を追加の正規分布に変更すると、正常に動作します (もちろん、ナンセンスな答えが得られます)。

私が間違っていることについての提案は大歓迎です! どういうわけか、スタンではなくJAGSを考えているのではないかと心配していますが、パレートモデルをスタンに当てはめる人々の例を見つけることができなかったので、私のアプローチを相互検証するのは困難でした.

Rにパッケージ「rjags」をインストールしようとしていますが、次のエラーが発生しています:

Mac (Mavericks を実行) に JAGS をインストールし、R-3.1.2 を実行しています。このサイトdevtoolsで推奨されているように、パッケージを使用してURLからインストールしようとしました:

この他のサイトの手順も確認し、さまざまなバージョンの JAGS を試してみましたが、同じエラーが発生しました。次に何を試せばよいか途方に暮れていますが、解決策は簡単だと確信しています。誰にも洞察がありますか？本当にありがとう！

関数と同様jagsのR関数はありますrepか? 次のようなコードを使用して配列を作成したいと思います。

マニュアルを読みましたが、これを達成する方法を見つけることができませんでした。Stan がおそらくこれを許可することは理解していますが、離散パラメーターで推論を行う必要があるため、Stan を使用できませんでした。あなたの助けに本当に感謝します！

この質問は、JAGS ヘルプ フォーラムにも投稿されています。

COV既知の分布パラメーターからカバー率 ( ) の応答値を推定しようとしています。OpenBUGS で応答データを NA として指定することでこれを行うことができます (たとえば、以下のコード) が、JAGS はこれを許可しません。JAGSでこれを達成する方法を知っている人はいますか?

これは「教師なし統計学習」の範疇に入ると思います

R で coda (mcmc.list) オブジェクトを保存する方法がわかりません。他の人から同様の質問がありましたが、回答が特に明確ではないことがわかりました。理想的には、coda オブジェクトを R.data ファイルまたはテキスト ファイル (csv など) として保存し、モデルを再実行することなく再インポートして JAGS チェーンを分析できるようにしたいと考えています (これには約 30 分かかります)。私のコンピューター）。現在、私の coda オブジェクト "coda.samples" は次のようになっています。

ご覧のとおり、これは 1094 個のパラメーターの 3334 個の推定値を含む 3 つのマトリックスのリストです (つまり、長さ 3334 の 3 つのチェーン)。この coda オブジェクトを保存して、毎回モデルを再実行することなく R にコールバックできるようにしたいと考えています。また、独自のチェーンが 3 つあるという事実も維持したいと考えています。

次のコード (Gelman および Hill's Book に記載されているコードから適応) を使用して、Jags の可変係数/切片順序付きプロビット モデルを推定しようとしています。ただし、「初期化時に観察されていない親と矛盾する観察されたノード。適切な初期値を設定してください」というメッセージが表示されます。どこが間違っていますか？誰か助けてくれませんか？前もって感謝します ！！

私のモデルは次のエラーで失敗しました:

いくつかの診断を行ったところ、チェーン 3 の初期値に問題があることがわかりました。ただし、これは時々発生する可能性があります。run.jagsこのような場合、モデルを再試行して再実行するよう JAGS 自体に指示する方法はありますか? たとえば、モデルを適切に初期化するために、別の N 回の試行を行うように彼に指示します。それはただ失敗するのではなく、非常に論理的なことです。それとも、何らかの方法で手動で行う必要がありtryCatchますか?

run.jagsPS: 現在、R から JAGS を実行するために使用していることに注意してください。

えーと！反応する方法について議論している投稿がいくつかあります。

つまり、いくつかの警告に。たとえば、次を参照してください。

自作未醸造ファイル

Brew doctor - 「警告: 醸造されていないヘッダー ファイルが /usr/local/include に見つかりました」?

自作の新規インストールで醸造されていないファイルを処理するためのベスト プラクティス

...

私の場合 (そして Mac OSX で Homebrew を使い始めたばかりです)、要約すると次のようになります。

• 予期しない dylib (/usr/local/lib/ 内)
• 予期しないヘッダー ファイル (/usr/local/include/c++/4.9.0/、/usr/local/include/c++/5.0.0/、/usr/local/include/JAGS/、/usr/local/include/ 内) ntfs/、/usr/local/include/ntfs-3g/ など)
• 醸造されていない .la ファイル (/usr/local/lib/ 内)
• 醸造されていない .pc ファイル (/usr/local/lib/pkgconfig/ 内)。
  • /usr/local/lib/pkgconfig/fuse-ext2.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/jags.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/libntfs-3g.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/libublio.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc
  • /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc
• およびいくつかの静的ライブラリ (/usr/local/lib/ 内)

したがって、私の質問は、再び、どのように反応するかです。特に、Anaconda と Homebrew の「衝突」はどの程度気になるのでしょうか。また、JAGS への影響も気になります (Anaconda ほど広くは使用されていませんが...)。

すべての体系的な見解を歓迎します!

どうもありがとう、PM

rjags を使用してベイジアン回帰モデルを実行しようとしていますが、データには 4 つの関連条件があります。条件間で折りたたむとモデルは正常に実行されますが、このモデルを条件ごとに個別に実行するように指定する場所/方法がわかりませんが、それでもcoda.samplesベータ値を比較できる出力が得られます (4 Beta0 および 4 つの Beta1 値 (条件ごとに 1 つ)。これが私のモデルです：

サブジェクトとアイテムは固定効果オフセットを取得するために参照され、「rt」は連続従属変数です。条件は、値が 1:4 のベクトル「条件」でコード化されます。

どこかに別の for ループが必要だと思いますが、どこにあるのかわかりません。

単純な成長モデルを想像してください。一歩先の予測を取得するにはどうすればよいですか??