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r - ペアごとのバイナリ比較 - R でのコードの最適化
細菌モデルの遺伝子構造を表すファイルがあります。各行はモデルを表します。行は、遺伝子が存在する固定長のバイナリ文字列です (存在する場合は 1、存在しない場合は 0)。私の仕事は、モデルの各ペアの遺伝子配列を比較し、それらがどの程度類似しているかのスコアを取得し、非類似度マトリックスを計算することです。
1 つのファイルに合計 450 のモデル (行) があり、250 のファイルがあります。私は動作するコードを持っていますが、たった 1 つのファイルに対してすべてを実行するには、約 1.6 時間かかります。
私のコードは何をしますか：
- ファイルを読み取ります
- バイナリ文字列をデータ フレームに変換 Gene、Model_1、Model_2、Model_3、… Model_450
- ネストされた for ループを実行して、ペアごとの比較 (マトリックスの上半分のみ) を実行します。対応する 2 つの列を取得して追加し、合計が 2 になる位置を数えます (両方のモデルに存在することを意味します)。
- データをファイルに書き込む
- 後でマトリックスを作成する
比較コード
マトリックスへの変換
プロセスを高速化する方法はありますか? 比較を行うより効率的な方法はありますか？
python - biopython で pairwise2 を使用して一致した残基のインデックス
pairwise2Pythonを使用して、文字列に一致する残基のインデックスを知りたいと思っています。
たとえば、2つの文字列があります
と
次のコードを使用します。
私が得るアライメントの1つは次のとおりです。
Es一致のインデックス、つまりすべての の元の位置、Hsおよび' 'seq B と一致した seq Aから取得したいと考えています。
それ、どうやったら出来るの？