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r - R でデータフレームのグループ化された値をプロットする
次のデータフレームがあります。
ご覧のとおり、一部の DE_genes は同じ mTAD 内にあります。すべての DE_genes の統計値をプロットし、mTAD でグループ化したいと思います。これを、y軸に遺伝子、x軸に統計値を持ち、TADでグループ化する水平バープロットとしてこれを行うことを考えましたが、最初にそれを行う方法がわかりません。次に、ヒートマップの方が良いと思いましたオプション。Rでそれを行う方法はありますか？合計で 1700 の mTAD があり、データにパターンがあるかどうかを確認したいと考えています。
どうもありがとう、ディミトリス
range - 値の範囲が狭いヒートマップで使用するカラーキーは?
私のデータは小さな範囲をカバーしていますが、データ ポイント間の小さな違いをヒート マップで可視化したいと考えています。色の強度を最大化する(そして灰色がかったマップを生成しない)のに最適なカラーキーと、pheatmapで範囲を設定する方法は?
r - ArrangeGrob での Pheatmap の使用
ArrangeGrob() を使用して、同じ .jpg に 2 つのプロットをプレートしようとしています。私はグリッドとグロブについて学び始めたばかりで、問題が何であるかを知っていると思います。これは本当ですか？
qplot をグリッドに配置し、pheatmap をグリッドに配置してから、それらのグリッドを新しいグリッドに配置する必要がありますか?
上記のコードスニペットは、使用時に問題なく実行されます
r - 大きなプロットからサンプルを取得して Knitr-PDF で表示する方法
RStudio で大きなプロットを作成して PDF に保存することがよくありますが、PDF ニット レポートにも部分的に表示したいと考えています。完全なオブジェクトを作成し、一部 (理想的には左上隅) を切り取り、その 2 番目の画像を PDF レポートに含める方法はありますか?
例として、56列と100行のプロットを生成するpheatmapコード。左上の 10 列と 10 行のみを表示したいのですが、入力データをサンプリングすると、異なるデータでクラスタリングが行われているため、明らかに別のプロットが得られます。また、(pheatmap だけでなく) 任意のプロット タイプに適用できるソリューションが大好きです。
前もってありがとうステファン
r - 「ラベル」文を使用して pheatmap の凡例のラベルを変更できないのはなぜですか?
私は初心者で、以下のようなバイオインフォマティクスデータを持っています
Pheatmap では、凡例のラベルを変更できません。ラベルは常にデフォルトです。
これが私のコードです
上記のコードを使用すると、凡例は次のように表示されます
しかし、凡例を以下に変更したい
