pheatmap( Documentation )を使用してヒートマップをプロットしています。私はかなり簡単な方法で行列をプロットしています:

プロットの下部が切り取られているため、下部に列名が表示されません。次のようになります。

これはヒートマップではないことに注意してください。

私はこの質問とこの質問で解決策を試しました。また、グーグルやこの機能のドキュメントで見つけた他のものも試しました。

par() と oma() と cexRow を使用してマージンを増やそうとしました。

プロットには影響しません。

プロット サイズを縮小せずにこれらの長い列名を表示できるようにする必要があります。一番下の余白を伸ばしたいだけです。

「pheatmap」パッケージを使用してヒートマップを生成するための次のコードがあります。ヒートマップの作成には成功しましたが、列に注釈を付けるのに非常に苦労しています。9 つの細胞型があり、各細胞型には 3 つの複製があります。

これがデータです。サンプルには 01_01,01_02,01_03 から 09_01, 09_02,09_03 までのラベルを付けました。

列の注釈を「A」、「B」、「C」、「D」、「E」、「F」、「G」、「H」、「I」にしたいと思います。行と列をクラスタリングする pheatmap

クラスター列に注釈を付けるために最善を尽くしましたが、成功しませんでした。誰かが列の注釈をカスタマイズする方法を説明できれば、本当に感謝しています。

データ: 私のデータファイル

ファイルを読む

私は RMarkdown で最初のレポートを書いており、特定の図の配置に苦労しています。

ヒートマップ HTML 出力pheatmapを生成するように、パッケージに適した形式に操作しているデータがいくつかあります。これらのいずれかを生成するコードは次のようになります。

の数値列は次のcleaned_mayoようになります。

このコードはすべて、RMarkdown 環境で次のヘッダーにラップされています{r heatmaps, echo=FALSE, results="asis", message=FALSE}。

私が実現したいのは、2 つのヒートマップを並べて、個々のヒート マップの周りに黒いボックスを配置することです (つまり、ヒートマップのタイトルと凡例も含まれます)。

誰かがこれを行う方法を教えてくれれば、または個別に教えていただければ幸いです。

ありがとう！