問題タブ [pheatmap]

遺伝子マイクロ アレイ データに基づいてヒート マップを作成し、pheatmap を使用してデータをクラスター化し、ヒートマップを出力しました。

ヒートマップのクラスター化されたデータをマトリックス形式で Excel ファイルに出力する方法はありますか?

20 万行のヒートマップを作成できるかどうかを知りたいですか? 行としてゲノム座標を持つマトリックスがあり、各列は各患者のその領域の有無を表します。だから私は15人の患者（列）を持っています。heatmap.2 または pheatmap を試しているときに、メモリ割り当ての問題が発生します。マトリックス全体を使用してヒートマップを生成するにはどうすればよいでしょうか。私のマトリックスの値は jsut 0 と 1 で、ヒートマップに基づいていくつかの仮説を描きたいと思っています。どうしたら使いこなせるようになるでしょうか。ラップトップで一度試しましたが、役に立たなかったので、非常に強力な Linux クラスターで試しました。しかし、それでも以下のエラーが表示されます。この問題を解決するにはどうすればよいですか。も追加しsessionInfo()ます。任意の回避策を歓迎します

Pheatmaplibrary(pheatmap)はannotation_colors、各ヒートマップ列の上部にヘッダー ID の色を追加します。

ボーダー付きの列ヘッダーの色として白を追加したい。ボーダーを追加することもできますborder_colorが、この関数はヒートマップ全体にもボーダーを描画します。

以下は私がこれまでに行ったことです。

プロットを配置するために使用するヒートマップであるマルチパネル プロットを実行しようとしていlayoutます。私はpheatmap、とりわけ非常に便利な配色を提供するヒートマップを描いてきました。

のコードはこちらからpheatmap入手できます。

この方法で使用しようとするとpheatmap、常に新しいページにプロットされます。これはgridパッケージの使用によるものだと思いますか？これを行う方法はありpheatmapますか？

バープロットの横にヒートマップを生成するコード例ですが、ヒートマップが以下の新しいページにプロットされるため、生成されません。

カスタム軸をパッケージpheatmapから入れたい。pheatmap試しxlab="Custom x label"てみylab="Custom y label"ましたが、うまくいきませんでした。また、凡例の位置を変更する方法もわかりませんでした。

最小限の作業例:

行のデフォルトの注釈を逆にしたい:

行の注釈でわかるように、0 は白色を表し、数値が大きいほど濃い緑色を表します。p が小さいほど、緑 (または灰色) が濃くなることを確認したいと思います。

さらに、それが可能であれば、0.05 より大きい p は白色のみを表します。

それは私にとって本当に挑戦的です。助けやコメントをありがとう

私は pheatmap を使用して値のヒートマップを作成しており、凡例にマトリックスの z 値の単位でラベルを付けたいと考えています。この例では、凡例の上部に温度 [°C] を表示します。ここで pheatmapのガイドラインを読みましたが、凡例の唯一の操作は、スケールの代わりに表示されるデフォルトの数値のリストを追加することです。凡例のタイトル自体を追加するオプションが表示されません。

以下は、行列を生成し、pheatmap を使用してプロットするコードの一般的なブロックです。凡例にタイトルを追加する方法についてアドバイスをいただければ幸いです。