問題タブ [pheatmap]

次のデータフレームがあります。

そして、次のヒートマップ コードを使用します。

このプロットを取得できます。

プロットに示されているように、ヒートマップのすべてのポイントに対応する値を右側のカラー スケールに取得するにはどうすればよいですか。

たとえば、 にcow motif_bは値があります-9.184523が、右側のカラー スケールは 0 ～ -0.5 の値を示します。これらの値を取得するにはどうすればよいですか?

最終結果は、値が変換されたデータ フレームです。どうやってやるの？

ルートで複数の hclust オブジェクト (またはデンドログラム) をマージする簡単な方法はありますか?

私の問題を説明するために、例を可能な限り完全なものにしました。

USArrests を地域ごとにクラスター化し、すべての hclust オブジェクトをまとめてヒートマップにプロットしたいとします。

これで、4 つの hclust オブジェクト (h1 から h4) ができました。私は通常、次のようにマージします。

次に、それらをプロットするには、hclust オブジェクトに従って行列を並べ替えてから、プロットする必要があります (プロットを明確にするためにいくつかの注釈を追加しました)。

要約すると、すべての個別の hclust をマージするよりも簡単な方法はありますか?

4 つの異なるグループにわたる遺伝子発現を示すヒートマップを作成しようとしていますが、各グループ内にクラスター化したいと考えています。列全体でグループごとに並べ替えられたサンプルがあります。cluster_cols = Trueすべてのグループでクラスターを使用し、各グループのサンプルの順序を混同します。pheatmap を使用して各グループ内でのみクラスタリングを行うにはどうすればよいですか?

パッケージを使用してヒートマップを生成しようとしてcellrangerRkitいます。このパッケージ内の関数は、以下に示すようpheatmapにライブラリに含まれる関数をpheatmap参照します。

私の問題は、ヒートマップをプロットすると、フォントサイズが大きいためにプロットの右側の注釈が重なってしまうことです (以下を参照)。

ラッパー関数にはオプションgbm_heatmapがないため、呼び出し時に単純に引数を渡すことができません。fontsizeこのラッパー内でプロット動作を変更するにはどうすればよいですか?

すべての入力に感謝します、ありがとう!

私はバイオ専攻で、R を使用して、どのヒトタンパク質 (uniprot) がさまざまな細菌株によって標的にされているかを示すいくつかの視覚化を生成します。

共起マトリックス/ヒートマップを生成しようとしています...次のようなものです

...列には株があり、行にはタンパク質があり、データ フレームのセルには、タンパク質が株と相互作用する回数が入力されています。したがって、ひずみ A、B、および C がすべてユニプロットと相互作用する場合、それらはすべて、そのユニプロット行のセルで 3 の値を持つ必要があります。

一意のひずみと human_uniprots のタプルのリストを作成してから、入力したい行列からひずみと人間の uniprot のペアに一致するタプルを検索し、一致する場合は「1」を追加してみました...しかしR でタプルを操作する方法がわかりません。次に、これを見ました:

これは私が欲しいものですが、使用法や構文を理解していません... sparse() はRの関数でもありますか?

さらに...すべての株と相互作用するものですべてのタンパク質をランク付けするといいでしょう. したがって、すべての菌株と相互作用するすべてのタンパク質が一番上にあり、次に 2 つの菌株と相互作用するタンパク質、そして 1 つの菌株と相互作用するタンパク質が続きます...