問題タブ [probability-density]

PCR 増幅プロセス中に塩基のミスマッチが発生する可能性のある DNA アンプリコンがあります。私の興味は、塩基あたりのエラー率、ミスマッチの数、およびアンプリコンの塩基数を考慮して、シーケンスにエラーが含まれる確率はどのくらいかということです。

[Cummings, SM et al (2010)]という記事に出くわしました。集団遺伝子解析における PCR、クローニング、シーケンシング エラーのソリューション。保全遺伝学、11(3)、1095–1097。doi:10.1007/s10592-009-9864-6] は、このような場合に確率質量関数を計算する式を提案しています。

ここに示すように、Rを使用して式を実装しました

この記事から、30 サイクルの PCR を使用して 800 bp のアンプリコンを分析し、1.85e10-51 サイクルあたり 1 塩基あたりの誤取り込みを行い、最も類似した配列とは異なる10各 bp のユニークな配列を発見したことを示唆しています。33 つの独立した PCR エラーによって新しい配列が生成される確率は に等しくなりP = 0.0011ます。

ただし、数式の実装を使用すると、別の値が得られます。

実装で何が間違っている可能性がありますか? 私は何かを誤解していますか？

ありがとう

次の問題があります。私のデータセットは次のとおりです。

これらのデータを連続密度関数で近似したいと思います。Rでこれを行う簡単な方法はありますか? 「カット」という機能が行うことに対して、「逆」の処理のようなものを考えています。

同じ紙に以下をプロットしたいと思います。

パラメーター 5 の指数分布の pdf パラメーター 15 の t 分布の pdf

PDFを描画する方法はわかりませんが、コマンドを使用して同じ紙に複数の図をプロットする方法は知っていますsubplot()

ガウス フィルターは、画像処理領域で有名な画像ノイズ除去ツールです。多くのオープンソース ソフトウェアが次のようなテンプレートを選択するのを見ました。

これらの価値はどこから来るのですか？

Matlabでは、可能なイベントのセットが 0 ～ 255 である二項 PDF が既に定義されています。そのPDFに従って、0〜255のシンボルを生成したいと思います。どうやってやるの？

これは、PDF を生成するために使用されるコードです。

「y」をプロットすると、ほとんどの場合、ソースが生成するシンボルは 9 から 23 の間になることがわかります。もう一度、そのシンボル ソースを設計するにはどうすればよいでしょうか? ありがとうございました。

ばかげた質問のように思えますが、私はこれに本当に苦労しています:

StartDate 値が記録されたイベントのリストがあります。イベントの密度を時間ごとにプロットするにはどうすればよいですか? したがって、X 軸が時間になり、Y 軸がこの期間に発生したイベントの数になるプロットが必要です。

更新: hist(dat$StartDate, break = "hours") は私にとってはうまくいきます。ただし、このヒストの周りに密度線を作成する必要があります。数値がないため、その方法がわかりません。