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リスト上の各サンプル ファイルを取得し、そのサンプルのマトリックスを作成してから、すべてのサンプル マトリックスの 1 つの大きなリストに格納する for ループがあります。

これが私がこれまでに行ったことです：

これは出力です: 1 つの大きなリストの出力の一部

ループが各反復の結果を独自の行列に格納するようにしたいので、それが理にかなっていれば、1 つの巨大な行列リストではなく複数の行列を使用します。この1つの巨大なリストをサブリストに分割するか、ループの結果をリストではなくマトリックス/配列/ベクトルに格納するか、何らかの方法で各反復をループ内の独自の変数に格納する必要があると思います. それらのいずれかを行う方法がわかりません。

読んでくれてありがとう！

アップデート：

したがって、これの要点は、マトリックスを作成して、それらを 1 つのマトリックスに結合することでした。次に、この 1 つのマトリックスを Seurat オブジェクトに変換し、クラスタリングを実行できるようにします。

これまでに行ったことは次のとおりです。基本的に、データセット内の各グループの複数のループを作成し、必要な情報を追加してから、リストを取得し、必要だと思う関数が実際にリストを取得するので、それは私にとって良いことです. 現時点で決定したコードは次のとおりです。

等々。次に、https://satijalab.org/seurat/articles/integration_large_datasets.htmlに従ってください

これが確実に機能するかどうかはわかりませんが、これまでに学んだことを反映するためにこの質問を更新すると思いました! 私が学んだ教訓は、リストを入力として受け取る関数を見つけることができるかどうかを確認することだと思います。

各クラスターの遺伝子発現の比率を見る関数を作ろうとしています。データセットをデータフレームに表現し、データセットのサブセットを分析することでそれを行うことができます。ただし、そのデータセットのサブセットを作成せずに、データセット自体 (膠芽腫) から直接その情報を取得したいと考えています。つまり、「glioblastoma」という名前の Seurat オブジェクトを作成し、FindAllMarkers などの関数を使用してマーカー遺伝子とクラスターを見つけた後、メタデータ (「glioblastoma」に保存されたデータ) を取得したということです。関数 str(glioblastoma) を使用して、以下に示すように保存されたデータを表示します。その str(glioblastoma) から各クラスターの各マーカー遺伝子発現の比率を見つけることは可能ですか (そうであると確信していますが、開始方法がわかりません)。これをチェックしてください

これは私が作ろうとしている機能です

フィルター(gene == marker_in & cluster == cluster_in) が間違っていることはわかっていますが、それを修正する方法がわかりません。

誰でも助けてもらえますか？Seurat オブジェクトの引数を使用する関数は初めてです。ありがとうございました。