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For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - Seurat UMAP 可視化結果は、2 つの同一環境で実行した後にミラーリングされます
ローカル コンピューターの RStudio (R 4.0.2) と Code Ocean R 4.0.3 で同じ R コードを実行すると、2 つの異なる UMAP 視覚化結果が得られ、それらはミラーリングされます。
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私は両方の環境で Seurat 3.2.0 バージョンを使用し、特に umap の視覚化には次の行を使用します。
再現可能な例を挙げることはできませんが、誰かが以前にこの問題に直面した可能性がありますか?
r - 同じタイプの複数の pdata ID を 1 つのサンプルに追加し、プロット時にそれらの ID で区別できるようにする方法
基本的に、このデータセットのサンプルに表現型情報 (pdata) を追加しようとしています。
たとえば、患者 39 (PT039) のサンプル情報を次のように読み込みます。
次に、関連する pdata を次の方法で追加します。基本的にはPT039mat、後で pdata として Seurat オブジェクトに追加される別のデータフレームを作成します。
これにより、以下が作成されます。
私はこれについて間違った考えをしているかもしれませんが、PT039 が複数のバッチに存在するという次の情報があります。基本的に、この正確なデータフレームを次のように再作成したいPT039pdat:
次のコードを使用して、これを正確に実行できます。
しかし、UMAP でさまざまなバッチをプロットしようとすると、意味がある場合でも、個別の可能性を検出できません。
これを作成できるようにしたいのですが、バッチ情報が B1、B2、B3 などで分割されています。
長い質問で申し訳ありませんが、読んでいただきありがとうございます！