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r - Seurat (ggplot2) の DoHeatmap プロットでセルを並べ替える方法
RでSeuratを使用してヒートマップをプロットしています
そして、これは私が得るものです
ここでセルをカスタムオーダーで並べ替えたい。私は試しDoHeatmap(test, data.use=<reordered data>)てp <- DoHeatmap(…, plot=FALSE)から再注文p$dataしましたが、役に立ちませんでした
r - 6 x 3 などの指定されたグリッドに複数の UMAP をプロットする方法は?
新しい Seurat 3 パッケージを使用して、単一細胞のシーケンス データを解析しています。18 個の Seurat オブジェクトをマージし、個々の識別子を meta.data に保存しました。split.by関数の引数を使用して 18 個の個別の UMAP をDimPlotプロットすると、アルファベット順にプロットが返されます。また、最初の 3 つの行に 5 つの UMAP をプロットし、最後の行に 3 つの UMAP をプロットします。6 x 3 のグリッドをプロットし、アルファベット順ではなく UMAP を並べたいと思います。以下は私が使用したコマンドです。
r - singleR seurat オブジェクトの作成中にエラーが発生しました
私はこの問題を解決しようとしてきましたが、一日中空になってしまいました。このオブジェクトを作成しようとしている間
次のエラー コードが表示されます。
irlba(A = t(x = data.use), nv = pcs.compute, ...) のエラー: max(nu, nv) は厳密に min(nrow(A), ncol(A)) より小さくなければなりません
私のカウントは [6 x 13732] の行列です。
事前に助けてくれてありがとう!!
python - 2D 散布図を合わせます (そしてそれらをリンクしますか?)
2 つの 2 次元散布図を 3 次元空間で重ね合わせて、対応する点をリンクできるようにしている図をときどき見かけます。多くの場合、これらは 2 つのネットワークがオーバーレイされたネットワークの形を取ります。例えば：
参考：https ://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html
次のようなプロットを得るために、2 次元プロットに共通の 3 次元を任意に追加できることを知っています。
次に、関連するポイントを接続しますが、RまたはPythonでそのような画像を構築するより簡単な方法があると思いましたか?