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python - シェル コマンドの結果の保存
タイトルを読んでわかるように、シェルコマンドの結果を保存して別のルールに渡すことに興味があります。
以下は私のルールです：
確かに、出口 1 のためにここでエラーを受け取りました! しかし、それはテストのためだけです。
私が解決しようとしているエラーは、subprocess.check_output() の {SAMTOOLS} の値です!
参考までに、別のユーザーが別の場所に samtools をインストールする可能性があるため、configfile で samtools のアドレスを設定できるようにします。ただし、ここではできません。
1) {SAMTOOLS} の正しい値を読み取ってください!
2) コマンド全体を実行可能にします!
それで、ルールの出力を別のルールに保存/渡す他の方法があれば教えてください!? 具体的には、snakemake を拡張して {SAMTOOLS} が利用可能であることをシェルに伝えるにはどうすればよいですか。
ありがとう！