問題タブ [snakemake]

drmma と snakemake のクラスター構成ファイルに関連する質問があります。

現在、パイプラインがあり、次のコマンドで drmma を使用してクラスターにジョブを送信します。

問題は、一部のルール/ジョブで必要なリソースが増減することです。json クラスター ファイルを使用すれば、さまざまなリソースでジョブを送信できると思いました。私のjsonファイルは次のようになります：

次のコマンドを実行すると、ジョブ (job1 と job2) がカスタム オプションではなくデフォルト オプションで送信されます。

私は何を間違っていますか？drmaa オプションを cluster-config ファイルと組み合わせることができないということですか?

run次の単純なスネークファイルを考えてみましょう。これは、命令でファイルを書き込もうとする試みです。

実行すると、次のようになります。

これにはビックリですFileNotFoundError。make_test明らかに、これがルールで作成したいファイルであることをsnakemakeに伝える正しい方法が見つかりませんでした。

また、出力構文を次のように変更してみました。

エラーは同じです。

何が起こっていますか？

私が使用したスクリプトはすべて、スクリプトが呼び出された現在のディレクトリに出力ファイルを配置するため、シェル スクリプト パイプラインでは、コマンドを実行するために特定のディレクトリに移動する cd コマンドがあり、出力ファイルは関連するディレクトリに保存されます。私のスクリプトには出力ディレクトリのパラメーターがなく、ほとんどのスクリプトは入力から推測される出力ファイル名を取得します。それは私にとってかなりうまくいきました。

今、snakemake がファイルを Snakefile があるディレクトリに出力しているように見えるため、この出力ディレクトリの問題に一貫して遭遇しています。すべてのスクリプトを変更して、出力ディレクトリの追加パラメーターを取得することもできますが、多くのスクリプトを変更するのは面倒です。特定のルールごとに出力先を指定する方法があるかどうか疑問に思っていますか?

Snakemake を使用していますが、現在のルールの nameにアクセスする方法が見つかりません。

たとえば、次のようなアクセス方法はありますか。

check_inputsこれは、関数が各ルールでほぼ同じである場合に非常に役立ちます。

確かに、私はこれを作成しましたが、動作します：

ただし、ルールの名前を毎回書き込む/ハードコーディングすることを避けるために、現在のルールの名前を取得するためのより「スネークメーカーの方法」が存在するかどうか疑問に思っていました。

どんな種類の助けや提案も高く評価されます。

--- EDIT1 ---
ルール名は、 andステートメントが snakemake によって解析される{rules.myrule.name}場合にのみ、経由でアクセスできます。そのため/定義ではの使用はできません。inputoutput{rules.myrule.name}inputoutput

{rules.current}アイデアは、たとえば現在のルールの名前にすばやくアクセスできるようにすることです。これ{rules.myrule.name}は、繰り返しもあるからです。

Snakemake ルールを使用して、不要になった Snakemake 出力ファイルを削除する方法がわかりません。

具体的には、bwa_mem_samという名前のファイルを作成するルールがあります{sample}.sam。bwa_mem_bamという名前のファイルを作成するこの別のルールがあります{sample.bam}。

2 つのファイルに同じ情報が異なる形式で含まれている場合、最初のファイルを削除したいのですが、うまくいきません。

どんな助けでも大歓迎です。ベン。

のみを変更するsnakemakeでルールを再利用する方法はありparamsますか?

例えば：

job1ルールは同じことを行っていますが、job2それらを連続して呼び出す必要があり、referenceパラメーターを変更する必要があります。非常によく似たタスクに対して多くのコードを生成します。

このステップのサブワークフローを作成しようとしましたが、メインの Snakefile の方が読みやすいです。ただし、サブワークフロー コードはまだ繰り返されています。

アイデアや提案はありますか？私は何か見落としてますか？

EDIT
より具体的には、job1 の出力を使用して、job1 の後に job2 を実行する必要があります。

私はインターネット通信が禁止されている駅で働いています。condaなしでsnakemakeをインストールすることは可能ですか?

ありがとう、ミシェル

私のワークフローには、スケジューリング キューで待機するか、実行に 24 時間以上かかるか、またはその両方が必要な共有クラスターへの PBS ジョブの送信が含まれることがよくあります。snakemake「バックグラウンド」で実行して、これらのジョブの実行中にプロンプ​​トを表示したいと思います。tmux、screen、またはを使用してこれを実行できることはわかっていますが&、これを行うより良い方法はありますか?

内部にコマンドを含む bash ラッパー スクリプトを送信することsnakemakeはオプションだと思いますが、ワークフローについての理解が不足していると思います。