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For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
python - スネークメイクの「ワイルドカードエラーに値が指定されていません」
私は、snakemake を使用して Web から 2 つのファイルをダウンロードし、それらを 1 つの出力にマージする単純なパイプラインを作成しようとしています。
私がうまくいくと思ったのは、次のコードです。
このコードは次のエラーを返します。
No values given for wildcard 'chromo'. in line 20
また、マージ ルールでは、実行内の python コードは機能しません。
snakemake パッケージのチュートリアルには、コンピューター科学者以外が詳細を学習できるほどの例が含まれていません。スネークメイクの使い方を学ぶための良いリソースを誰かが知っている場合は、共有していただければ幸いです:)。
snakemake - ルール内で cluster_config dict にアクセスするには?
ワークフローの一部としてベンチマーク レポートの作成に取り組んでいます。含めたいものの 1 つは、各ジョブに要求されたリソースの量に関する情報です。
現在、クラスター構成ファイル (「cluster.json」) をハードコーディングされた入力として手動で要求できます。ただし、理想的には、 --cluster-config 引数を介して渡されるルールごとのクラスター構成情報にアクセスできるようにしたいと考えています。init .pyでは、これは という dict としてアクセスされcluster_configます。
この辞書をルールに直接インポートまたはコピーする方法はありますか?