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snakemake - Snakefileでオーバーライドの可能性があるデフォルトのメモリ要求?
いくつかのルールを含む Snakefile がありますが、クラスターで実行するために 1 GB/コア以上を必要とするものはごくわずかです。ディレクティブはこれresourcesに最適ですが、デフォルト値を設定する方法が見つかりません。resources: mem_per_cpu = 1024デフォルト以上のものを必要としないすべてのルールを記述する必要はありません。
クラスター構成ファイル__default__で使用し、特定のルールの値をオーバーライドすることで、必要なものを取得できることに気付きました。メモリ要件はプラットフォームに依存しないため、これを行うのをためらっています。そのため、Snakefile 自体に含めることをお勧めします。また、コマンドライン オプションを使用してローカル リソースの制限を指定することもできなくなります。mem_per_cpu--resources
ここで私を助けるSnakemakeの簡単な解決策はありますか? ありがとう！
parameters - SnakeMake のチェーン パラメータ
これは SnakeMake でパラメーターをチェーンするために機能するようです。これは大丈夫ですか、それとも並列環境で問題を引き起こすのでしょうか?代わりに PersistentDict を使用する必要がありますか?