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今、RNAdeg のサブセットをプロットしたい

さまざまな「for」ループを試しましたが、成功しませんでした。

しかし、プロット線の色が指定されている場合、plotAffyRNAdeg は 1:(指定された色の数) のサブセットをプロットしますが、それを効果的に使用する方法は考えていません。たとえば、以下は、マイクロアレイ データの 1 番目から 6 番目の AffyRNAdeg'd セット ( ReadAffy() によって読み取られた 1 番目から 6 番目の .CEL ファイル) をプロットします。

2 つのバッチを含むデータセットで ComBat スクリプトを実行しようとしていますが、エラーが発生し、R の初心者であるためコードを検査する方法がわかりません。

私はこの方法で ComBat メソッドを実行しています:

とにかく私の出力は次のとおりです。

dat のデータ形式は次のとおりです。

sif のデータ形式は次のとおりです。

どんなヒントでも大歓迎です。必要に応じて、さらに情報を提供します。

ありがとう

最初は次のような行列呼び出し res があります。

次のようなインデックス (インデックス) のマトリックスがあります。

結果のresマトリックスを次のようにしたい：

大きなマトリックスがあります。インデックス マトリックスをループするのに時間がかかります。これを行うためのより良いアプローチがあれば教えてください。mat[indexes,] <- 1 のようなことをしたいと思っています。しかし、これは私が望んでいたことではありません。

cummeRbund 関数findSimilar()を使用して、Cuffdiff を使用して特定した発現差のある遺伝子に最も類似した 10 個の遺伝子を見つけました。これは Jensen-Shannon 距離を使用し、ランク付けされた順序付き遺伝子リストを作成しました。これを GO 濃縮についてテストしたいと思います。ファイルは次のようになります。

最初に、最も類似した各遺伝子の GO 用語を手動で検索しましたが、より堅牢な分析を行いたいと考えています。Broad Institute の Java アプリケーションである GSEA を実行しようとしています。

ランク付けされたリスト ファイル形式 (*.rnk) を作成しましたが、遺伝子セット データベースを選択する必要があります。

私は海綿種に取り組んでいるので、既に提供されているデータベースを使用できません。

独自の遺伝子セット データベースを作成するにはどうすればよいですか? それはどのように見えるべきですか？